Draft Genome Sequence of the Extremely Halophilic Bacterium Halomonas salina Strain CIFRI1, Isolated from the East Coast of India

Behera, Bijay Kumar; Das, Priyanka; Maharana, Jitendra; Paria, Prasenjit; Mandal, Shambhu Nath; Meena, Dharmendra Kumar; Sharma, A. P.; Jayarajan, Rijith; Dixit, Vishal; Verma, Ankit; Vellarikkal, Shamsudheen Karuthedath; Scaria, Vinod; Sivasubbu, Sridhar; Rao, Atmakuri Ramakrishna; Mohapatra, Trilochan

doi:10.1128/genomea.01321-14

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“…De manera similar, se han analizado aislamientos bacterianos recogidos en la Costa Este de la India, sugiriendo que la mayoría de estos, pertenecen a los grupos Firmicutes y Proteobacteria, y que podrían ser de gran interés para la prospección de genes candidatos tolerantes al estrés salino, en función de la progresión evolutiva y de modificaciones a nivel del genoma para la expresión de genes de tolerancia (Behera et al, 2015). • Solutos compatibles: compuestos osmóticamente activos, sustancias de bajo peso molecular, azúcares altamente solubles en agua o alcoholes, aminoácidos o sus derivados; que hacen que las bacterias halófilas sean versátiles en su adaptación a la salinidad.…”

Section: Características Y Estrategias De Adaptación a Ambientes Salinosunclassified

Análisis in silico de comunidades microbianas halófilas y su relación con las condiciones ambientales en depósitos salinos empleados para la producción de sal gourmet en Manaure, La Guajira

Henríquez¹

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Las minas y depósitos para la explotación de sal representan importantes ecosistemas, en los que convergen diversos factores biológicos, químicos y medioambientales. Los estudios actuales en estos ambientes se han centrado en el uso de herramientas ómicas, para analizar la diversidad taxonómica y funcional de los microbiomas halófilos en las minas de sal de todo el mundo. En este trabajo, se analizaron las características fisicoquímicas y ambientales de un depósito salino empleado para la producción de sal gourmet en Manaure, La Guajira. Adicionalmente, se realizó un análisis “in silico” de la comunidad microbiana halófila presente en tres minas de sal de diferentes regiones del mundo y su relación con las características fisicoquímicas (pH, temperatura, salinidad y contenido de oligominerales) y ambientales (temperatura, humedad relativa, precipitación y velocidad del viento) propias de cada lugar de explotación. Los metagenomas de depósitos salinos de Italia, Pakistán y Chile fueron descargados de MGnify y NCBI; y sometidos a análisis de calidad, limpieza y diversidad taxonómica en MG-RAST. El análisis funcional fue realizado usando Egg-NOG Mapper. Respecto a las características fisicoquímicas en el depósito de Manaure, se registraron valores de pH de 7.4, temperatura del agua de 32°C y salinidad 402.0 mS/cm. El cloro fue el oligomineral predominante con 889,45 mg/100 g y el potasio el más escaso con 76 mg/100 g al final del estudio. La temperatura ambiental fue de 30 °C, la precipitación de 3.3%, la humedad relativa del 65% y los vientos de 26.3 km/h. Los resultados del análisis “in silico”, mostraron que en la comunidad microbiana halófila de los metagenomas de Italia, Pakistán y Chile estuvo mayormente representada por el dominio Archaea. Los géneros Halorubrum y Haloquadratum fueron los predominantes en un rango de pH entre 6,4 y 7,5; la temperatura del agua de mar entre 38 y 41,2 °C; y la salinidad entre 24,1 y 34,1%. Los géneros comunes en los 3 metagenomas fueron Halorubrum, Haloquadratum, Haloarcula, Halobacterium y Natronomonas, bajo condiciones de pH neutro y/o básico y a medida que la salinidad incrementa. El análisis funcional de los tres metagenomas, permitió identificar genes relacionados con la traducción, estructura y biogénesis de ribosomas, modificaciones postraduccionales, recambio de proteínas, chaperonas, así como proteínas universales del estrés. Se encuentra documentada la participación de estas proteínas en los sistemas de osmoadaptación, previamente reportados en arqueas halófilas. Los resultados del análisis “in silico”, sumado a las características fisicoquímicas y ambientales propias del depósito salino de Manaure, La Guajira, permitieron predecir la posible comunidad microbiana asociada. Palabras claves: microorganismos halófilos, metagenómica, diversidad taxonómica, ambientes extremos, osmoadaptación, diversidad funcional.

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Section: Características Y Estrategias De Adaptación a Ambientes Salinosunclassified

Análisis in silico de comunidades microbianas halófilas y su relación con las condiciones ambientales en depósitos salinos empleados para la producción de sal gourmet en Manaure, La Guajira

Henríquez¹

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Halophiles: biology, adaptation, and their role in decontamination of hypersaline environments

Edbeib

Wahab

Huyop

2016

World J Microbiol Biotechnol

138

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The unique cellular enzymatic machinery of halophilic microbes allows them to thrive in extreme saline environments. That these microorganisms can prosper in hypersaline environments has been correlated with the elevated acidic amino acid content in their proteins, which increase the negative protein surface potential. Because these microorganisms effectively use hydrocarbons as their sole carbon and energy sources, they may prove to be valuable bioremediation agents for the treatment of saline effluents and hypersaline waters contaminated with toxic compounds that are resistant to degradation. This review highlights the various strategies adopted by halophiles to compensate for their saline surroundings and includes descriptions of recent studies that have used these microorganisms for bioremediation of environments contaminated by petroleum hydrocarbons. The known halotolerant dehalogenase-producing microbes, their dehalogenation mechanisms, and how their proteins are stabilized is also reviewed. In view of their robustness in saline environments, efforts to document their full potential regarding remediation of contaminated hypersaline ecosystems merits further exploration.

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Metagenomics study in aquatic resource management: Recent trends, applied methodologies and future needs

et al. 2021

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Draft Genome Sequence of the Extremely Halophilic Bacterium Halomonas salina Strain CIFRI1, Isolated from the East Coast of India

Abstract: Halomonas salina strain CIFRI1 is an extremely salt-stress-tolerant bacterium isolated from the salt crystals of the east coast of India. Here we report the annotated 3.45-Mb draft genome sequence of strain CIFRI1 having 86 contigs with 3,139 protein coding loci, including 62 RNA genes.

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Análisis in silico de comunidades microbianas halófilas y su relación con las condiciones ambientales en depósitos salinos empleados para la producción de sal gourmet en Manaure, La Guajira

Análisis in silico de comunidades microbianas halófilas y su relación con las condiciones ambientales en depósitos salinos empleados para la producción de sal gourmet en Manaure, La Guajira

Halophiles: biology, adaptation, and their role in decontamination of hypersaline environments

Metagenomics study in aquatic resource management: Recent trends, applied methodologies and future needs

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