e-BioFlow: Improving Practical Use of Workflow Systems in Bioinformatics

Wassink, Ingo; Ooms, Matthijs; Neerincx, Pieter; Veer, Gerrit van der; Rauwerda, Han; Breit, Timo M.; Nijholt, Anton; Vet, P.E. van der

doi:10.1007/978-3-642-15020-3_1

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“…2) Generic OPM-compliant frameworks to manage provenance data (e.g. PLIER [37], e-BioFlow [38], Karma [39], OPMProv [40], Trident workbench [41], and SPADE [42]).…”

Section: Opm: the Open Provenance Modelmentioning

confidence: 99%

PROV‐man: A PROV‐compliant toolkit for provenance management

Benabdelkader

Kampen

Olabarriaga

2015

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Discoveries in modern science can take years and involve the contribution of large amounts of data, many people and various tools. Although good scientific practice dictates that findings should be reproducible, in practice there are very few automated tools that actually support traceability of the scientific method employed, in particular when various experimental environments are involved at different research phases. Data provenance tracking approaches can play a major role in addressing many of these challenges. These approaches propose ways to capture, manage, and use of provenance information to support the traceability of the scientific methods in heterogeneous environments. PROV is a W3C standard that provides a comprensive model for data and semantics representation with common vocabularies and rich concepts to describe provenance. Nevertheless, it is difficult for domain scientists to easily understand and adopt all the richeness provided by PROV. In this paper we describe the design and implementation of the provenance manager PROV-man, a PROV-compliant framework that facilitates the tasks of scientists in integrating provenance capabilities into their data analysis tools. PROV-man provides functionalities to create and manipulate provenance data in a consistent manner and ensures its permanent storage. It also provides a set of interfaces to serialize and export provenance data into various data formats, serving interoperability. The open architecture of PROV-man, consisting of an API and a configurable database, allows for its easy deployment within existing and newly developed software tools. The paper presents examples illustrating the usage of PROV-man. The first example illustrates how to create and manipulate provenance data of an online newspaper article using PROV-man. The second example demonstrates and evaluates the PROV-man implementation in a more complex case for collection of provenance data about biomedical data analysis activities that are carried out using a distributed computing infrastructure.

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“…2) Generic OPM-compliant frameworks to manage provenance data (e.g. PLIER [37], e-BioFlow [38], Karma [39], OPMProv [40], Trident workbench [41], and SPADE [42]).…”

Section: Opm: the Open Provenance Modelmentioning

confidence: 99%

PROV‐man: A PROV‐compliant toolkit for provenance management

Benabdelkader

Kampen

Olabarriaga

2015

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“…Examples of these environments are BioPython [48], BioPerl [49], BioJava [50], Taverna [51], Galaxy [52], and eBioFlow [53].…”

Section: A Preliminary Solution: Pipeline Development Environmentsmentioning

confidence: 99%

“…Another example is the workflow development environment eBioflow [53], which proposes the identification of roles and actors and their association with tasks and technological artefacts, respectively. The roles and actors are described at design time and the workflow is enacted at execution time.…”

Section: A Dsl As a Solutionmentioning

confidence: 99%

An agile model-driven method for involving end-users in DSL development

Pozo¹,

José²

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An agile model-driven method for involving end-users in DSL developmentUn método ágil dirigido por modelos para involucrar a los usuarios finales en el desarrollo de DSLs Un mètode àgil dirigit por models per a involucrar als usuaris finals en el desenvolupament de DSLs AgradecimientosEn este pequeño trocito de tesis me gustaría dar gracias a todas aquellas personas que han contribuido de algún modo en la realización de esta tesis.En primer lugar, quiero dar la gracias a mis directores de tesis. A Oscar, por creer en mi desde el primer día (aunque al principio solo fuera por mi casa de la nieve en Rubielos), por darme libertad para llevar a cabo esta tesis y sobre todo por apoyarme hasta el final. A Paco, por guiarme durante todo el proceso, por su apoyo y ánimo constante, por sus acertadas críticas, por leer esta tesis varias veces y sobre todo por su ayuda incondicional durante estos 5 años.También quiero dar las gracias a mi familia y amigos por cuidarme y apoyarme, ya sea viniendo a comer conmigo a la Universidad, insistiéndome cada cinco minutos en que acabara la tesis, preguntándome como estaba, haciéndome croquetas, arreglándome los desastres de mi casa, despidiendo positivismo en todo momento o estando ahí aunque solo nos hayamos podido ver una vez al mes o al año.Por otro lado, quiero dar las gracias a todos los compañeros del Pros que también me han ayudado. A Marce, por ser mi compañera de viaje, por salir conmigo a todo tipo de ferias, y por escuchar todos mis rollos durante nuestras salidas cenicientiles acompañadas de vino de la casa. A mis compañeros del genoma, por su forma de ver la vida, que me ha ayudado a reflexionar y a salir de mi zona de confort, y en especial a Ana Levin, por su ayuda durante los primeros años. A Sergio y a Ignacio, por sus sabios consejos que me han ayudado a mejorar muchos aspectos de esta tesis. A Cristian y a Carlos, por aportar su granito de arena en la implementación de esta tesis. A Ana Cidad por ayudarme con la burrocracia a la que me he tenido que enfrentar. Y en general, a todas aquellas personas que han aguantado mis cambios de humor y aun así han tenido siempre buenas palabras hacia mí.Tampoco puedo dejar de agradecer a todas aquellas personas de Imegen, GEM Biosoft, e INCLIVA por su colaboración en toda la parte genómica de esta tesis. En especial, me gustaría agradecer a Pablo por sus consejos y por su ayuda durante los meses en los que estuvimos colaborando sin los que la validación de esta tesis no hubiera sido posible.Y por último, a ti, al más especial, porque el ánimo que me has dado cada día con tu forma de ser y con tu gran éxito "la tesis no se escribe sola" no tiene precio. Gracias, porque sin ti, ni mi vida ni esta tesis serían lo mismo. OverviewDomain-specific languages (DSLs) are considered to be a powerful tool for enhancing the efficiency of software developers and bring software development closer to end-users from complex domains. However, the successful development of a DSL for a complex domain is a challenge from the technical point of vie...

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