El presente estudio tuvo como propósito establecer la eventual repercusión de un procedimiento de evaluación formativa en el desarrollo de habilidades científicas. Metodológicamente, se trata de una investigación cualitativa, más concretamente, un estudio de caso. Los datos se obtuvieron mediante observación no participante y participante, prueba, análisis documental, análisis de contenido y entrevista. Los instrumentos fueron el diario de campo, la prueba, matriz de datos y guion de entrevista. Como informantes participaron cinco niños que cursan los grados segundo y tercero en una escuela rural; también participó su maestra titular. Los principales resultados muestran que en las prácticas evaluativas previas a la intervención pedagógica los espacios de reflexión eran escasos, lo que derivó en una actitud de pasividad por parte de los estudiantes. Por otra parte, el diseño y aplicación de un procedimiento de evaluación formativa por etapas mejoró la participación y el desarrollo de habilidades científicas y de aprendizaje. Se concluye que el procedimiento de evaluación diseñado y aplicado contribuyó favorablemente en el desarrollo de habilidades científicas en el grupo de los estudiantes de la muestra.