Introdução: Estudos associam alterações bioquímicas à incidência de doenças cardiovasculares, e um programa de hidroginástica apresenta-se como coadjuvante para melhora dessas enfermidades. Objetivo: Identificar o efeito de um programa de treinamento em hidroginástica sobre o perfil lipídico de mulheres pós-menopáusicas. Métodos: Participaram 33 mulheres divididas em grupo experimental, com 22 voluntárias que realizaram treinamento em hidroginástica, e grupo controle, com 11 integrantes que não efetuaram nenhum treino sistematizado. Resultados: Os resultados do grupo experimental, pré e pós-teste, evidenciaram redução das variáveis LDL, triglicérides e colesterol total. No grupo controle, observou-se diminuição somente nos níveis de HDL, LDL e colesterol total. Em relação aos dois grupos, após intervenção, também observou-se redução do triglicérides e do VLDL. No entanto, não foram evidenciadas diferenças significativas nas variáveis deste estudo. Conclusão: Verificou-se que o treinamento aeróbico em hidroginástica promoveu uma modesta redução do perfil lipídico das mulheres pós-menopáusicas.