A pesar de los altos rendimientos, los sistemas de producción acuícola intensivo han tenido un impacto negativo en el medio ambiente, debido al uso incontrolado de alimento y la producción masiva de residuos que se liberan sin previo tratamiento, lo cual conduce al deterioro de la calidad de los cuerpos de agua y eutroficación. La biorremediación es una técnica de tratamiento de las aguas residuales que es conocida por ser amigable con el medio ambiente, eficiente y rentable para mejorar la calidad de los residuos que se generan. Existen diferentes agentes biorremediadores que se han evaluado en los últimos años en las aguas residuales acuícolas. El objetivo del presente artículo es revisar y comparar las diferentes técnicas de biorremediación que se están llevando a cabo para el tratamiento de las aguas residuales producto de la acuicultura, y de esta manera abarcar las limitaciones, alcances y aplicabilidad. Diferentes fuentes de información fueron consideradas para esta revisión, que incluye tesis universitarias, documentos gubernamentales y artículos científicos en idioma español e inglés de revistas científicas indexadas. El alcance de este artículo se extiende para discutir los diversos tipos de biorremediación, sus aplicaciones e inconvenientes en el contexto del tratamiento de aguas residuales de la producción acuícola. Existe un gran potencial de las diferentes técnicas de biorremediación para poderlas aterrizar al contexto regional y así mismo se evidencia los escasos estudios en cuanto a la biorremediación de otros compuestos originados en la industria piscícola como hormonas y antibióticos.