Objetivo: Determinar la relación entre la ejecución presupuestal de transferencias financieras del Seguro Integral de Salud (SIS) y la disponibilidad de suministros médicos en establecimientos de tercer nivel del Ministerio de Salud (MINSA) en Lima Metropolitana. Material y método: Estudio transversal, realizado en 20 establecimientos del nivel III en Lima Metropolitana. La información sobre ejecución presupuestal (total, en gastos de reposición, de medicamentos, y de materiales o insumos) se obtuvo de las Actas de Cierre de Supervisión Financiera de la Gerencia Macrorregional del SIS; mientras que la disponibilidad de suministros médicos (productos farmacéuticos, dispositivos médicos y/o productos sanitarios) fue recolectada del portal web Mundo IPRESS (por el acrónimo de Instituciones Prestadoras de Servicios de Salud). Para correlacionar ambos conceptos se utilizó el test de Spearman (rho), considerándose un valor p<0,05 como significativo. Resultados: La ejecución presupuestal global no se relacionó con la disponibilidad de suministros médicos (rho=-0,014; p=0,955). La evaluación por componentes evidenció que la ejecución presupuestal en medicamentos se relacionó positivamente con la disponibilidad de suministros (rho=0,417; p=0,045), lo cual también fue válido en el análisis solo para hospitales (rho: 0,594; p=0,032). Si bien la ejecución presupuestal en materiales e insumos para hospitales se relacionó con la disponibilidad de suministros, dicha relación fue inversa (rho=-0,552; p=0,043). Conclusiones: La ejecución presupuestal general de transferencias financieras del SIS no se relacionó con la disponibilidad de suministros médicos, a excepción del componente de gasto en medicamentos.