Emerging trends in molecular recognition: Utility of weak aromatic interactions

Tewari, Ashish Kumar; Dubey, Rajeev K.

doi:10.1016/j.bmc.2007.09.023

Cited by 103 publications

(51 citation statements)

References 117 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Дальнейшее плавление GC-богатых концевых участков происходит с высокой кооперативностью, как видно из рис. 4 36 , хотя нарастание <l>(T) при нагревании выше 70 °C происходит одинаково резко в обоих олигомерах. По мере уменьшения длины олигомера наблюдается дальнейшее снижение максимальной σ(T).…”

Section: поведение пузырьков в коротких днк метод закалки самокомплеunclassified

“…Если сравнить рис. 4 Как и в работе van Erp et al, различие профилей третьего и четвёртого образца касалось только пика нестабильности в TSS, то есть влияние мутации было локальным [267]. Сами пики были выражены слабо по сравнению с экспериментом или расчётами Choi et al [29].…”

Section: исследование пузырьков денатурации методом ферментативного гunclassified

“…Переход в метастабильное состояние, соответствующее этому комплексу, отнимает большую часть энергии солитона. Из данных таблицы 5.4 следует, что ∆H° перехода весьма высока: для GC 3 , GC 4 С одной стороны, большая стандартная энтальпия препятствует возникновению комплекса с водным мостиком. С другой стороны, основания, образовавшие данный комплекс, частично сохраняют стэкинг-взаимодействия со своими соседями.…”

Section: локализация энергии угловых колебаний нуклеотидных парunclassified

See 2 more Smart Citations

Theoretical and Experimental Investigations of DNA Open States

Shigaev¹,

Ponomarev²,

Лахно³

2013

Math.Biol.Bioinf.

View full text Add to dashboard Cite

Аннотация. Работа посвящена обзору и анализу литературных данных, касающихся свойств открытых состояний ДНК. Данные состояния возникают вследствие крупных флуктуаций дуплекса и оказывают большое влияние на целый ряд биохимических процессов, в том числе на перенос электрического заряда в ДНК. Проведён сравнительный анализ экспериментальных данных по кинетике и термодинамике открытых состояний ДНК в широком интервале температур. Объяснены противоречия между результатами разных экспериментов. На основе различия термодинамических свойств и других характеристик выделено три типа открытых состояний ДНК, а также дано современное определение термина «открытое состояние». Представлен краткий обзор простых математических моделей ДНК, в большинстве которых состояние каждой пары оснований описывается одной-двумя переменными. Рассмотрены основные проблемы исследования гетерогенной ДНК в рамках подходов данного уровня. Обсуждается роль каждой из групп моделей в интерпретации экспериментальных данных. Особое внимание уделено изучению процессов переноса и локализации энергии колебаний нуклеотидных пар в дуплексе при помощи механических моделей. Показано, что данные процессы играют ключевую роль в динамике гетерогенного дуплекса, а их теоретическое исследование крайне важно для развития современной молекулярной биологии и биофизики. Рассмотрены основные особенности теоретических подходов, благодаря которым удалось описать различные экспериментальные данные. Описаны перспективы развития моделей, предложены конкретные детали оптимизации, а также возможные способы модернизации некоторых экспериментальных методик.

show abstract

Section: поведение пузырьков в коротких днк метод закалки самокомплеunclassified

Section: исследование пузырьков денатурации методом ферментативного гunclassified

Section: локализация энергии угловых колебаний нуклеотидных парunclassified

See 1 more Smart Citation

Theoretical and Experimental Investigations of DNA Open States

Shigaev¹,

Ponomarev²,

Лахно³

2013

Math.Biol.Bioinf.

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…[1][2][3][4][5][6] Host/guest interactions play an important role in biochemical systems and the environment. The study of host/guest interaction of cyclophane/neutral compounds spanned the past three decades 5,7 ; however, the structure-function of noncovalently bound interactions is still not yet completely understood.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Spectroscopic investigations of molecular association of cyclophanes with anthracene

Smith¹,

Iwunze²,

Burke³

et al. 2010

Arkivoc

View full text Add to dashboard Cite

In honor of Professor Richard A. Bartsch on the occasion of his 70 th birthday AbstractWe report an improved synthesis method for the production of cyclophanes 5, 6, and 7 in higher yields of 71, 98, and 99%, respectively, compared to the previously reported 40, 30, and 70% yields, respectively. Cyclophanes C5, C6, and C7, called corrals, have different cavity sizes determined by the number of methylene spacers varying from three to five; they form inclusion complexes with neutral aromatic molecules. Therefore, we have studied their interactions with anthracene (A) using absorption, fluorescence, and Fourier transform infrared spectroscopies. The average association constants of each cyclophane with anthracene in dichloromethane were determined to be (log K) 4.24 + 0.10, 4.81 + 0.05, and 4.25 + 0.03 for the C5/A, C6/A, and C7/A systems, respectively. The binding of anthracene is favored by C6 over C5 and C7 in solution, possibly due to increased stability of the equilibrium geometry of the C6/A complex. Upon complexation low frequency spectral shifts for several transitions associated with anthracene and corral molecules were observed. The slight spectral shifts are in accord with weak intermolecular forces prevalent in the studied corral/anthracene complexes.

show abstract

“…4 These intermolecular arene interactions along with other important intermolecular weak interactions like CH…X (X = N, O, S, Cl, F, π ) and C=O….C are important in chemistry as well as in biology. 5 Out of these interactions, the CH…π interaction 6 which is probably formed between soft acid (CH) and soft base (π system) is known to play an important role in determining the conformation of organic compounds. 7 The presence of the strongest CH…π interactions is found in acidic alkynyl hydrogens 8,9 or other acidic hydrogens.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Conformational tuning of molecular network stabilized via C-H….π & π-π interaction in 2-[2-(3-cyano-4, 6-dimethyl-2-oxo-2H-pyridin-1-yl-methyl)-benzyloxy]-4, 6-dimethyl-nicotinonitrile

Tewari¹,

Dubey²

2009

Arkivoc

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

2-[2-(3-Cyano-4,6-dimethyl-2-oxo-2H-pyridin-1-ylmethyl)benzyloxy]-4,6-dimethylnicotinonitrile (1) has been synthesized and characterized by 1 H and 13 C NMR. In solid state, the molecular conformation of sterically hindered compound (1) is stabilized in such a way that gauche conformation is attained by both heterocyclic rings with respect to phenyl ring via intramolecular CH-O and CH-π interactions. The weak CH-X (π, O, N) interactions manifest an interesting role in stabilizing the packing mode of compound. X-ray crystal structure of compound shows a cavity of 13 members formed via intramolecular CH-π interaction.

show abstract

Emerging trends in molecular recognition: Utility of weak aromatic interactions

Cited by 103 publications

References 117 publications

Theoretical and Experimental Investigations of DNA Open States

Theoretical and Experimental Investigations of DNA Open States

Spectroscopic investigations of molecular association of cyclophanes with anthracene

Conformational tuning of molecular network stabilized via C-H….π & π-π interaction in 2-[2-(3-cyano-4, 6-dimethyl-2-oxo-2H-pyridin-1-yl-methyl)-benzyloxy]-4, 6-dimethyl-nicotinonitrile

Contact Info

Product

Resources

About