La endometritis se define como la inflamación del endometrio, y es considerada una de las principales causas de sub e infertilidad en la yegua, que generan pérdidas económicas significativas, con una incidencia del 10 al 15 %. Existen diferentes etiologías, destacándose la mala conformación del perineo, útero abdominal, pérdida de la actividad miometrial, número de montas, factores moleculares y genéticos, y la presencia de bacterias y hongos. El presente artículo expone el caso de una yegua criolla colombiana de 15 años con historial de abortos y nula obtención de embriones, donde fueron realizados como métodos diagnósticos la evaluación del sistema genital externo e interno, ultrasonografía, citología, cultivo y biopsia endometrial; la cual reportó endometritis crónica de clasificación II B, asociada edema tipo 4, y estableciendo un pronóstico reservado para la reproducción, después de comprobarse la endometritis fúngica. El tratamiento consistió en la utilización de complejos vitamínicos, medicina biorreguladora, terapia antimicótica y antibiótica, nutraceúticos, minerales, y lavados intrauterinos. Posterior a la medicación y tres intervalos ovulatorios consecutivos, fueron recuperados y transferidos exitosamente cuatro embriones, de los cuales tres llegaron a término, demostrando así la recuperación de la función endometrial, gracias a la identificación de los microorganismos involucrados y el establecimiento de una terapia adecuada y complementada.