eScience through the Integration of Data and Models: A Biodiversity Scenario

Villanueva-Rosales, Natalia; Chavira, Luis Garnica; Rio, Nicholas Del; Pennington, Deana

doi:10.1109/escience.2015.77

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“…ELSEWeb's GUI also allows the manual submission of experiments through a JSON specification. The service-oriented architecture used in ELSEWeb's infrastructure, GUI design, and a discussion of the technical challenges addressed by the ELSEWeb framework can be found in [6].…”

Section: Resultsmentioning

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“…These ontologies were created using an iterative, bottom-up approach driven by standards and best practices followed by EDAC and Lifemapper, such as those provided by the Open Geospatial Consortium (OGC) 4 and the Federal Geographic Data Committee (FGDC) 5 . Non-semantic resources were inspected, interpreted, and expressed as classes and properties using the Web Ontology Language (OWL) 6 . These resources included Web Services' metadata, arbitrary REST-full service descriptions in XML, shell scripts and Java code.…”

Section: Semantic Descriptions Of Data and Model Providersmentioning

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Semantic Bridges for Biodiversity Sciences

Villanueva-Rosales

Rio

Pennington

et al. 2015

The Semantic Web - ISWC 2015

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Understanding the impact of climate change and humans on biodiversity requires the retrieval and integration of heterogeneous data sets for the generation of models that provide insights not possible with a single model. Scientists invest a significant amount of time collecting and manually preprocessing data for the generation of such models. The Earth Life and Semantic Web (ELSEWeb) project aims to create a semantic-based, open-source cyberinfrastructure to automate the ingestion of data by models. This paper describes the ontologies at the backbone of ELSEWeb that provide semantic bridges between environmental data sources and species distribution models.

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Section: Resultsmentioning

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Section: Semantic Descriptions Of Data and Model Providersmentioning

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Rio

Pennington

et al. 2015

The Semantic Web - ISWC 2015

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“…Em (LU; KOGA, 2015) é discutida uma SOA para controle de tráfego aéreo global, com recursos escaláveis e estruturados, ainda em desenvolvimento. Em (VILLANUEVA-ROSALES et al, 2015) é descrito o framework ELSEWeb, que visa a integração de dados ambientais em um esforço multidisciplinar. Tais trabalhos são amostras dos pontos em que SOA pode atuar para trazer soluções de qualidade.…”

Section: Trabalhounclassified

MDAPSP - Uma arquitetura modular distribuída para auxílio à predição de estruturas de proteínas

Oliveira¹

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Agradeço primeiramente à minha família pela paciência, compreensão e apoio desde sempre. Ao prof. Júlio pelas oportunidades e pela orientação nessa caminhada acadêmica. Agradeço aos demais professores que contribuíram para minha formação e desenvolvimento dessa pesquisa, àqueles que integram o LaSDPC, ao prof. Alexandre Delbem pela colaboração e ao prof. Stephan Reiff-Marganiec pela orientação no período na Universidade de Leicester-Inglaterra. Aos meus amigos, dos quais destaco quatro que auxiliaram diretamente na construção dessa tese, Alexandre Defelicibus, Fausto Costa, Mário Pardo e Juliano Ferreira. Aos companheiros de laboratório pelas conversas, risadas e trocas de conhecimento. Aos amigos com quem convivi nesses anos, compartilhando teto, experiências, alegrias e dificuldades. Aos amigos de toda a vida de Machado, Poços de Caldas, São Carlos, Leicester e demais lugares que tive o prazer de conhecer. Muito obrigado. "O que sabemos é uma gota, o que ignoramos é um oceano." (Isaac Newton) Palavras-chave: Arquiteturas orientadas a serviço, predição de estruturas de proteínas, gateways científicos, workflows científicos, WorkflowSim.

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