Estudo filogenético e produção de marcadores moleculares in silico para diagnóstico de Fusarium oxysporum f. sp. rapae, in Ipomoea potatoes (L.) Lam.

Abstract

A batata-doce (Ipomoea batatas) é uma hortaliça de importância nacional, uma vez que é a quarta hortaliça mais consumida no Brasil com grande adaptação aos diversos sistemas de climas e solos, possuindo baixo custo de produção. Nacionalmente, as regiões Sul e Nordeste destacam-se por serem responsáveis por grande parte da produção do país. Mas atualmente as plantações vêm sofrendo grande perdas com as infeções de patógenos fúngicos, em destaque a espécie Fusarium Oxysporum. Assim, o presente trabalho teve por objetivo fazer um estudo genético da espécie Fusarium Oxysporum f. sp. rapae, pertencente ao grupo do complexo Fusarium Oxysporum, além de produção de primers para diagnostico molecular com o gene LYS2. Com as buscas das sequencias do gene de interesse utilizando a ferramenta blast da plataforma do NCBI, foram selecionadas 15 sequencias para em seguida gerar a árvore filogenética com as sequencias selecionadas e depois desenhar os marcadores para qPCR e os iniciadores da técnica LAMP. Os resultados obtidos da arvore filogenética, com o método de inferência bootstrap, apresentaram bons resultados de similaridades entre as espécies, resultando em uma boa árvore de espécie com representação de topologia histórica das espécies. Os primers desenhados com a plataforma primer3Plus demonstraram serem bons marcadores, atendendo todos os parâmetros e apenas três dos cinco conjuntos de iniciadores desenhados foram selecionados para técnica LAMP. Os protocolos desenvolvidos (in sílico) foram baseados em técnicas moleculares para diagnosticar o F. oxysporum na batata doce, sendo um protocolo para técnica qPCR e outro protocolo para técnica LAMP.