Introducción. En México, el 85 % de las siembras son maíces blancos, el 10 % amarillo blanco y el 5 % de otros colores. Hay estudios bioquímicos de maíces nativos pigmentados, pero poca información en maíces mejorados en color. Objetivo. Evaluar el contenido de fitoquimicos y capacidad antimicrobiana de dos híbridos de maíz pigmentado cultivados en el Tecnológico Nacional de México-Valle del Yaqui. Materiales y métodos. En los híbridos de maíz de color rojo y de color morado se realizó la extracción de biocompuestos a partir de una porción del maíz cultivado en el sur de Sonora, México, durante el ciclo verano-invierno 2020. Se utilizó una solución de etanol, ácido acético y agua en una proporción de treinta partes. La composición proximal, contenido de antocianinas, polifenoles y flavonoides se determinaron mediante métodos estandarizados. La capacidad antioxidante se evaluó mediante las metodologías ABTS (2,2'–azino–bis–(3–ethylbenzothiazoline–6–sulphonic acid)) y DPPH (2,2-difenil-1-picrilhidracilo). Además, se determinó la capacidad antimicrobiana y la concentración mínima inhibitoria. Resultados. El maíz morado presentó mayor contenido de antocianinas (340,98±5,21 mg/100 g) y polifenoles (173,68±24,23 mg de ácido gálico/100 g), en comparación con el maíz rojo. Los flavonoides son más abundantes en el maíz morado (575,10±27,88 mg de quercetina/100 g). Ambos híbridos de maíz exhibieron una capacidad antioxidante superior al 50 % frente a los radicales ABTS y DPPH. Respecto a la actividad antimicrobiana, se observó mayor inhibición para Escherichia coli y Salmonella (18 % y 47 %), y menor para Staphylococcus aureus y Shigella (19 % y 34 %) en comparación con la gentamicina. Conclusión. El maíz morado mostró mayor contenido de antocianinas, polifenoles y flavonoides. Ambos híbridos tuvieron mas del 50 % de capacidad antioxidante. La actividad antimicrobiana fue mayor contra E. coli y Salmonella, pero menor contra S. aureus y Shigella.