OBJETIVO: Analisar fatores de risco para a morte de crianças menores de um ano de idade, do município de Maracanaú, Estado do Ceará, entre os anos de 2000 e 2002, através de linkage das informações do Sistema de Informação sobre Nascidos Vivos e Sistema de Informação sobre Mortalidade. MÉTODOS: Coorte retrospectiva de 11.127 nascimentos vivos com declaração de nascido vivo preenchida, ocorridos entre 01/01/2000 e 31/12/2002 e 119 óbitos infantis relacionados a essa coorte de nascidos vivos, com declaração de óbito ou instrumento de investigação de óbito infantil preenchidos, ocorridos entre 01/01/2000 e 31/12/2003. Os fatores de risco para a mortalidade infantil foram estimados utilizando-se as análises bivariada e multivariada através da regressão logística. RESULTADOS: Foram encontradas odds ratio (OR) estatisticamente significativas para nascidos vivos com baixo peso ao nascer (OR=3,16; IC95% 1,58-6,35), nascidos vivos prematuros (OR=2,70 ; IC95% 1,25-5,86), nascidos vivos de mães com consultas pré-natal igual ou menores a 6 (OR=2,05; IC95% 1,15-3,64) e nascidos vivos cujo escore de Apgar no primeiro (OR=4,40 IC95% 2,48-7,81) e quinto (OR=5,5; IC95% 2,75-11,20) minutos de vida foram inferiores a sete. CONCLUSÕES: Esse estudo possibilitou o uso das bases de dados de nascimentos e óbitos, sugerindo a vigilância contínua e oferta de assistência adequada ao subgrupo de recém-nascidos com maior risco de morte e a garantia de assistência pré-natal de qualidade.