La enfermedad celíaca (EC) en niños con síndrome de Down (SD) ha sido publicada por varios países, sin que existan datos para Colombia.Objetivo: Determinar la frecuencia y factores relacionados de EC en niños con SD, comparado con un grupo de niños sin SD, analizando las manifestaciones clínicas, inmunológicas y genéticas.Pacientes y Método: Fueron estudiados 209 niños, 1-18 años de edad (8,4 ± 4,1 años; 55,5% sexo femenino): 97 con SD y 112 sin SD usando como marcador serológico los anticuerpos anti-transglutaminasa (tTG2); se estudiaron variables de edad, genero, raza, origen, peso, talla y síntomas digestivos. A los niños con tTG2 positivos, se les realizó biopsia duodenal y genotipo. Se estimó la proporción de niños con SD, sin SD y EC y su IC95%; medidas de tendencia central, análisis univariado y bivariado, siendo significativa una p < 0,05.Resultados: Ocho niños con SD (8,2%) y 5 niños sin SD (4,5%) fueron tTG2 positivos (p = 0,200). Ninguno presentó deficiencia de IgA sérica. Un niño con SD presentó EC con Marsh II (1,0%); y 2 niños con SD (2,1%) y 2 sin SD (1,8%), presentaron EC potencial (p = 0,432). Tres niños fueron HLA-DQ2. Hubo mayor oportunidad de presentar EC en el grupo de pre-escolares (OR = 6,14 IC95% = 0,41-87,35 p = 0,0462).Conclusiones: La frecuencia de EC por biopsia intestinal en estos niños con SD es muy inferior a lo relatado en la literatura, estando asociada al pre-escolar, y siendo su principal alelo el DQ2, hallazgos similares a lo descrito a nivel mundial.