La innovación y los retos tecnológicos de la fabricación inteligente han provocado un incremento notable en la complejidad del software de control de los sistemas de producción automatizados (aPS) integrados en un entorno global interconectado. Una herramienta de pruebas muy potente para su validación es emplear plantas virtuales (uno de los pilares de la digitalización en la industria). En este contexto, este artículo contribuye con una metodología de diseño e implementación de gemelos funcionales construidos a partir de componentes funcionales básicos de librería, que no precisa herramientas comerciales de desarrollo de plantas virtuales. Como representación virtual de la funcionalidad de una entidad del sistema de producción, el gemelo funcional se empleará como herramienta de pruebas para probar la reacción del sistema de control tanto en producción normal como ante la inyección de fallos. La metodología se ha aplicado en la construcción de los gemelos funcionales que permiten validar el sistema de control de una célula de ensamblaje.