Objetivo: Evaluar la incidencia y factores asociados al pensamiento suicida en una muestra de médicos residentes de dos instituciones. Materiales y métodos: Se realizó un estudio de tipo descriptivo, observacional, prospectivo y transversal, entre los meses de septiembre a octubre del 2022, para estimar el pensamiento suicida en los médicos residentes de dos hospitales con la escala de Plutchik, además de buscar factores asociados. Se aplicó la estadística descriptiva con medidas de tendencia central y de dispersión, frecuencias relativas y absolutas; las pruebas ji al cuadrado de Pearson y de bondad de ajuste, así como la prueba de Kruskal-Wallis se emplearon para examinar las diferencias entre especialidades, y la prueba post-hoc de Tukey para evaluar la especialidad diferente. Resultados: Se respondió un total de 225 encuestas, de las cuales se eliminaron 20 por inadecuado diligenciamiento, y quedaron 205. El promedio de edad fue de 28,66 años (DS ± 2,360) y el 71,2 % correspondió al sexo femenino. En cuanto a las especialidades, se encontró a pediatría con el 28,8 % y a anestesiología con el 20,5 %. Se evidenció asociación significativa entre especialidades, con un valor de p = 0,0000, y grado académico de p = 0,003 (p ≤ 0,05). Según la especialidad, se encontraron diferencias en cuanto al pensamiento suicida; la prueba de Kruskal-Wallis mostró un valor de p = 0,000 y la prueba post-hoc de Tukey reveló que la especialidad de ginecología fue la diferente. Conclusiones: De acuerdo con los resultados de la muestra, alrededor de una cuarta parte de los médicos residentes manifiesta pensamiento suicida. La prevalencia en dicha muestra no presenta diferencia significativa con respecto a la incidencia a nivel latinoamericano. Se encontró una asociación entre ideas suicidas, especialidades médicas y grado académico. En cuanto a comparación entre las especialidades, ginecología fue la que mostró mayor ideación suicida. Este trabajo presenta algunas limitaciones, por ejemplo, existe una gran heterogeneidad de grupos, no se empleó una técnica de selección probabilística y las pruebas estadísticas empleadas fueron no paramétricas.