Crianças com consumo alimentar inadequado apresentam maior predisposição à ocorrência de doenças crônicas, principalmente na presença de modificações genéticas. Os padrões alimentares compreendem os alimentos frequentemente consumidos e um padrão de baixo valor nutricional, associa-se ao aumento do risco cardiometabólico, principalmente em indivíduos com Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNP’s) nos genes FTO, MC4R e MTMR9, podendo comprometer a saúde por toda a vida. O objetivo deste estudo foi investigar a associação do padrão alimentar e consumo de macronutrientes com fatores de risco cardiometabólico, na presença de polimorfismos genéticos em crianças. Trata-se de um estudo transversal, realizado com 258 crianças de 4 a 7 anos pertencentes a uma coorte retrospectiva em Viçosa, Minas Gerais, Brasil. As medidas antropométricas realizadas foram peso, estatura e perímetro da cintura. Os exames bioquímicos avaliados foram: glicemia, colesterol total, LDL-c, HDL-c e triglicerídeos (TG), e a partir destes, foram calculados o colesterol não HDL e o índice triglicerídeos-glicemia (TyG). Aferiu-se a pressão arterial para cálculo da pressão arterial média (PAM). O consumo alimentar foi avaliado por meio de três registros alimentares, aplicados em dias não consecutivos, sendo um de final de semana. A coleta do material genético se deu através do swab oral e os polimorfismos associados aos genes FTO, MC4R e MTMR9 também foram avaliados através swab oral. Aplicou-se a regressão linear múltipla, para avaliar a associação dos padrões alimentares e consumo de nutrientes com os fatores de risco cardiometabólico, estratificada pelas categorias dos genes. A prevalência de excesso de peso entre as crianças foi de 22,1% e a de polimorfismo no gene FTO de 20,2% (AA). Identificou- se cinco padrões: “Tradicional”, “Ultraprocessado”, “Leite com achocolatado”, “Lanche” e “Natural”. Entre as crianças com o polimorfismo no gene FTO, foi observada associação com o padrão “Ultraprocessado” e o índice TyG (β = 0,06; IC95%: 0,01 - 0,11) e com os triglicerídeos (β = 7,47; IC95%: 0,73 – 14,21). Já entre as crianças com um alelo de risco (AT), identificou-se associação do padrão “Leite e Achocolatado” com o índice TyG (β = 0,03; IC 95%:0,00 - 0,07). Na análise de consumo, observou-se que crianças portadoras do gene MTMR9 (AG/AA) apresentaram maiores médias de LDL-c. Crianças com apenas um alelo de risco nostrês genes e com maior consumo de macronutrientes, apresentaram maiores valores de PAM, TyG, TG e glicemia. As crianças com polimorfismo nos genes e com maior consumo de carboidrato, gordura poli-insaturada e saturada, lipídeos e proteína, apresentaram maiores valores de IMC, TyG, PAM, TG, HDL-c e a glicemia. Os resultados deste estudo apontam que entre as crianças com polimorfismo no gene FTO houve associação entre o padrão ultra processado e fatores de risco cardiometabólico, assim como nas crianças portadoras de polimorfismo nos três genes e com maior consumo de macronutrientes, apresentaram maiores valores dos marcadores de risco cardiometabólico. Assim, o consumo alimentar adequado mostra-se como um fator protetor à ocorrência de alterações cardiometabólicas, principalmente em indivíduos portadores de polimorfismos nos genes FTO, MC4R e MTMR9. Palavras-chave: Padrão alimentar. Risco cardiometabólico. Single nucleotide polymorphisms. Criança.