The original distribution area of the Patagonian 'pejerrey' Odontesthes hatcheri has been subjected to the introduction of a related species; the Bonaerensean 'pejerrey' Odontesthes bonariensis. This species currently coexists with O. hatcheri in lakes and reservoirs, and can interbreed and produce fertile hybrid offspring. The purposes of this study were; a) the extensive sampling of Patagonian and Andean-Cuyan populations of pejerrey, b) the species identification according to taxonomic key, c) validation of taxonomic results on the basis of mitochondrial DNA composition, and d) applying morphometric analysis to explore the effects of hybridization and environmental conditions on body shape. Cytochrome b sequence analysis showed a high degree of genetic divergence between species and low intraspecific variation in O. hatcheri. Geometric Morphometric Analyses detected shape differences in agreement with diagnostic characteristics of each species. Putative hybrids exhibiting intermediate diagnostic characteristics were identified by Geometric Morphometric Analysis. Significant regressions between body shape and total phosphorus and altitude were found, suggesting a dependence on trophic web structure. This multi-level approach suggests the introgression of O. bonariensis into several O. hatcheri populations throughout Patagonia. Managers should take this into account when considering further exotic introductions into regions where non-native fishes have not yet become established.La distribución original del 'pejerrey' patagónico Odontesthes hatcheri ha sido sometida en las últimas décadas a la introducción de una especie relacionada; el 'pejerrey' Bonaerense Odontesthes bonariensis. Ambas especies coexisten actualmente en algunos lagos y embalses debido a prácticas de siembra y pueden cruzarse y producir progenie híbrida y fértil. Los propósitos de este estudio fueron a) un amplio muestreo de las poblaciones patagónicas y andino-cuyanas del pejerrey, b) la identificación de las especies de acuerdo con la clave taxonómica, c) la validación de los resultados taxonómicos sobre la base de la composición del ADN mitocondrial y d) aplicar el análisis morfométrico para explorar los efectos de la hibridización y las condiciones ambientales sobre la forma corporal. El análisis de la secuencia del Citocromo b mostró un alto grado de divergencia genética entre ambas especies y una muy baja variación intraespecífica en O. hatcheri. El análisis de la Morfometría Geométrica detectó diferencias de forma coincidentes con las características diagnósticas de cada especie. Presuntos híbridos exhibiendo características diagnósticas intermedias fueron identificados por el análisis de la Morfometría Geométrica. Regresiones significativas entre la forma corporal y la concentración total de fósforo y la altitud fueron halladas, sugiriendo una dependencia con la estructura de la trama trófica. Este enfoque múltiple sugiere la introgresión de genes de O. bonariensis dentro de varias poblaciones de O. hatcheri a lo largo de la Patagonia....