animalcules: Interactive Microbiome Analytics and Visualization in R

Abstract

18Background: Microbial communities that live in and on the human body play a vital role in 19 health and disease. Recent advances in sequencing technologies have enabled the study of 20 microbial communities at unprecedented resolution. However, these advances in data generation 21 have presented novel challenges to researchers attempting to analyze and visualize these data. 22Results: To address some of these challenges, we have developed animalcules, an easy-to-use 23 interactive microbiome analysis toolkit for 16S rRNA sequencing data, shotgun DNA 24 metagenomics data, and RNA-based metatranscriptomics profiling data. This toolkit combines 25Powerful interactive and dynamic figures generated by animalcules enable users to understand 29 their data and discover new insights. animalcules can be used as a standalone command-line R 30 package or users can explore their data with the accompanying interactive R Shiny interface. 31 Conclusions:We present animalcules, an R package for interactive microbiome analysis 32 through either an interactive interface facilitated by R Shiny or various command-line functions. 33It is the first microbiome analysis toolkit that supports the analysis of all 16S rRNA, DNA-based 34 shotgun metagenomics, and RNA-sequencing based metatranscriptomics datasets. animalcules 35 can be freely downloaded from GitHub at https://github.com/compbiomed/animalcules or 36 installed through Bioconductor at 37

Comunidades microbianas e genes funcionais associados com a ciclagem de arsênio em lagoas salino-alcalinas

“…A significância entre a variação na diversidade e riqueza em nível de sazonalidade e concentrações de As foram realizadas de forma similar aos testes previamente descritos (ANOVA e Kruskal-Wallis). Análises gráficas da taxonomia, tanto em níveis de As como avaliando a sazonalidade foram desenvolvidas em pacotes como SHAMAN (Volant et al, 2019) e Animalcules(Zhao et al, 2020). A correlação entre os perfis taxonômicos e funcionais dessas comunidades com os atributos físico-químicos das lagoas salino-alcalinas foi demonstrada através de uma ordenação gerada por uma análise de redundância (RDA) por Em estudos anteriores, as maiores concentrações de arsênio na água foram detectadas em lagoas com presença de florações de cianobactérias(Barbiéri et al, 2007;Richter et al, 2019).…”