O processo de secagem por atomização ou spray-drying é uma das operações mais frequentes para a obtenção de extratos secos a partir de plantas medicinais. No entanto, durante o processo de preparação desses insumos farmacêuticos ativos (IFA) de origem vegetal, uma série de fatores podem afetar a qualidade desses produtos intermediários. Por meio de levantamento bibliográfico científico e da legislação brasileira sobre medicamentos fitoterápicos, vivências do grupo em pesquisa e desenvolvimento (P&D) da Fiocruz e da realização de Brainstorming entre os integrantes da equipe, foi elaborado um diagrama de causa e efeito (Diagrama de Ishikawa). Tal pesquisa teve o objetivo de levantar pontos críticos no processo de produção desses IFA de origem vegetal, apontando aspectos do processo de spray-drying de ordem teórica e prática que poderiam afetar a qualidade do produto fitoterápico. Com base nas informações mencionadas no diagrama e na discussão desses pontos acerca de cada etapa até a preparação do extrato seco, foi possível racionalizar o processo de obtenção desse intermediário, com foco em transformá-lo em produto fitoterápico.