La presencia de enterobacterias de transmisión hídrica en el río Guamote, Ecuador indica un riesgo para la manifestación de infecciones gastrointestinales debido a que este recurso es frecuentemente utilizado en la zona para el riego de cultivos, así como para la ganadería. Estos microorganismos además pueden ocasionar problemas en el tratamiento farmacológico debido a los mecanismos de resistencia a los antimicrobianos que poseen. El objetivo de esta investigación fue identificar bacterias de importancia clínica a partir de muestras de agua y de productos de la industria agrícola que son cultivados en las zonas aledañas al río Guamote para determinar su perfil de susceptibilidad a los antimicrobianos. Se muestrearon 6 estaciones del río Guamote obteniéndose 35 cepas bacterianas de importancia clínica. Se obtuvieron muestras de agua y productos agrícolas de las estaciones Chipo Grande, Chipo Chico, Guamote, Rondador Molino (Chakrawasi), Copatillo (Rondan) y Puente de Guaniche. Las muestras fueron sometidas a cultivo (agar Sangre, agar MacConkey y agar CLED) y antibiograma (Kirby Bauer). Los resultados demostraron la presencia de Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Citrobacter diversus, Citrobacter amalonaticus, Citrobacter freundii, Proteus mirabilis, Enterobacter cloacae, Aeromonas .sp, Pseudomonas aeruginosa. Se evidenció la presencia de farmacorresistencia a quinolonas, penicilinas, cefalosporinas y monobactámicos. En conclusión, se demuestra que el agua de riego del río Guamote es un factor de riesgo en la transmisión de enterobacterias por ser utilizada como fuente de riego en la agricultura.