Variações na dieta, volume e qualidade do alimento, podem provocar alterações no trato gastrointestinal, além de influenciarem nas reservas de glicogênio e deposição de gordura corporal. O morcego nectarívoro Anoura caudifer tem a capacidade de mudar sua dieta, em diferentes estações do ano, para outros recursos alimentares, podendo produzir respostas morfológicas e fisiológicas a essas variações. Considerando isto, o objetivo deste trabalho foi investigar como a mudança de dieta provoca alterações na morfologia intestinal e nos teores de reservas energéticas e de proteínas nessa espécie. Para isso, foram analisados parâmetros corporais, índices hepatossomático, lipossomático e viscerossomático, conteúdo gastrointestinal, morfologia, histoquímica e morfometria dos intestinos delgado (ID) e grosso (IG), teores de glicose, glicogênio muscular e hepático, proteínas, gordura, e matéria seca em machos e fêmeas, entre as estações chuvosa e seca. Na estação chuvosa, A. caudifer consumiu insetos e fibras vegetais, as vilosidades foram frequentemente digitiformes e de menor altura (815,71 μm) e o IG apresentou pregas circulares; na estação seca, a escassez de alimento restringiu esta espécie ao consumo de pólen, poucas fibras vegetais e possivelmente néctar; houve maior altura da mucosa, maior altura e variação na forma das vilosidades (1.080,32 μm) e IG sem pregas circulares Os teores de glicose e glicogênio e o índice hepatossomático foram significativamente maiores na estação chuvosa. Comparando os gêneros, presença de gordura corpórea foi encontrado somente nas fêmeas na estação chuvosa e o teor de proteína bruta corpórea foi maior nas fêmeas em ambas as estações. A mucosa do ID foi ajustada para acomodar um maior volume de alimento no período chuvoso, e as pregas circulares do IG podem ter otimizado o maior volume de alimento digerido e de massa fecal, indicando que essa espécie encontra condições alimentares favoráveis nesse período. Na estação seca, a mucosa do ID se desenvolveu para compensar a menor quantidade disponível de alimento. A alta taxa glicêmica e de reserva glicídica, refletindo no índice hepatossomático, é condizente com a maior disponibilidade de alimento na estação chuvosa. Em relação aos teores de proteína bruta e gordura, a diferença entre machos e fêmeas certamente se relaciona com aspectos reprodutivos, com maior demanda energética nas fêmeas para a reprodução. Deste modo, a sazonalidade de recursos alimentares provoca ajustes na morfologia intestinal, o que se adequa à sincronização reprodutiva para a estação mais favorável, onde as reservas de glicogênio, gordura e proteína corporais garantem um melhor desempenho e sobrevivência dessa espécie. Palavras-chave: Sazonalidade. Dieta. Trato Gastrointestinal. Glicogênio Hepático. Chiroptera.