Persyaratan kesehatan lingkungan permukiman yang terus tumbuh dan berkembang meliputi 7 aspek. Pemangku kepentingan kesulitan mengklasifikasikan kesehatan lingkungan permukiman, membutuhkan waktu yang lama, kurang akurat, dan kurang lengkap. Aplikasi sistem pakar kesehatan lingkungan permukiman dibangun berbasis website menggunakan Metode Certainty Factor. Pengembangan aplikasi sistem pakar mengadopsi metode Expert System Development Life Cyrcle (ESDLC). Aplikasi dirancang mulai dari penalaran dan pemberian nilai skor, rancangan database, diagram konteks, dan bagan alir sistem. Aplikasi sistem pakar berdasarkan rancangan dikembangkan dengan editor Notepad++ untuk menuliskan Program Hypertext Preprocessor (PHP) dengan framework CodeIgniter. XAMPP digunakan untuk menjalankan database menggunakan MySQL dan Apache untuk server lokal. Hasil perbandingan antara perhitungan manual dan aplikasi mempunyai nilai skor yang sama. Hal tersebut dapat dijadikan bukti bahwa aplikasi sistem pakar yang dibangun dapat digunakan untuk membantu klasifikasi kesehatan lingkungan permukiman. Hasil klasifikasi dapat dijadikan acuan kebijakan dan bentuk pelaporan kesehatan lingkungan permukiman setiap tahun oleh pemangku kepentingan.