O presente estudo teve por objetivo realizar a identificação dos fungos encontrados na própolis produzido por Apis mellifera L. da Baía do Iguape, Brasil. Para tanto, foram utilizadas técnicas morfológicas, bioquímicas e moleculares, sendo averiguado o perfil de restrição gerado por espaçador interno transcrito (ITS1 e ITS4). O tamanho dos produtos de PCR foi analisado quanto ao perfil de restrição obtidos com endonuclease (HhaI, HaeIII e HinfI) por espécie. Foram identificadas dezesseis espécies de fungos filamentosos: Flavodon flavus, Aspergillus nomius, Aspergillus versicolor, Cladosporium sp., Coniothyrium sidae, Didymella sp., Paecilomyces variotii, Cladosporium cladosporioides, Penicillium citrinum, Fusarium incarnatum, Penicillium chermesinum, Phoma sp., Stagonosporopsis valerianellae, Phoma medicaginis, Paraphoma fimeti e Stagonosporopsis cucurbitacearum; e seis espécies de leveduras: Candida tropicalis, Candida guiliermondii, Candida famata, Kodomala ohmeri, Trichosporon asahiu e Cryptococcus laurentii. Stagonosporopsis cucurbitacearum e leveduras pertencentes ao gênero Candida foram os microrganismos de maior ocorrência nas amostras da própolis provenientes da Baía do Iguape, Brasil.