El sector cooperativo se ha visto afectado en los últimos años, por diferentes factores exógenos, lo que ha incidido en el incremento de sus niveles de riesgo financiero, pasando del Segmento I y II al IV y V. El objetivo de este estudio es conocer la incidencia de la gestión de auditoría interna en los riesgos financieros del sistema cooperativista, la población inicial fue 494 cooperativas analizadas en el año 2020, finalizando el estudio con 419 para el año 2022 evidenciando que el 15.18% de las entidades analizadas quebraron o fueron absorbidas por otras entidades, los indicadores analizados en relación a los riesgos fueron: crédito, operativo, de mercado y de liquidez. En los que se determinó, en el año 2021: el riesgo de liquidez de 370 cooperativas representando el 73% ubicándose en un rango del 1% al 1.5% de liquidez, seguido por el riesgo operativo en un rango del 16% al 20% con 459 cooperativas representando el 91%, finalmente, en el año 2022 el riesgo de liquidez con 393 cooperativas representaba el 78%, encontrándose con un rango del 1% y 1.5% de liquidez. En conclusión, se deduce que tanto el riesgo de liquidez como el riesgo operativo, fueron los más afectados debido a la falta de planes de contingencia por parte de las entidades financieras ante un escenario extremista como fue la pandemia del Covid- 19 que frenó la colocación de créditos, recuperación de cartera, ocasionando reducción de nómina de trabajadores, desempleo, crisis económica, y falta de liquidez.