La diversité de l’écosystème microbien du tractus digestif équin

Abstract

Le gros intestin (caecum et côlon) des équins héberge un microbiote abondant et divers dont une fonction essentielle est la dégradation et la fermentation des parois végétales ingérées en produits directement utilisables par l’hôte. Ce microbiote est composé de cinq grandes communautés microbiennes (protozoaires, bactéries, champignons, Archaea et virus) parmi lesquelles les bactéries ont été les plus étudiées. Ces communautés sont spécifiques de l’espèce équine. La diversité des protozoaires comme celle des champignons et des virus a été décrite du point de vue taxonomique mais leur implication dans les processus de digestion est mal connue. La diversité des Archaea a été peu étudiée, pourtant leur étude permettrait de mieux évaluer la contribution de l'élevage équin à la production de gaz à effet de serre. La communauté bactérienne est diverse, appartenant majoritairement aux phyla des Firmicutes et desBacteroides, et comprend des bactéries dont les différentes fonctions (cellulolytiques, amylolytiques, glycolytiques, utilisatrices de lactate et protéolytiques) sont impliquées dans la digestion des aliments ingérés, en particulier des parois végétales. Cette communauté bactérienne est différente entre le contenu caecal et colique d’une part, et les fèces d’autre part. Des facteurs propres à l’hôte (type génétique, variabilité individuelle) et/ou environnementaux (régime alimentaire, saison, exercice physique) sont susceptibles de modifier la diversité des communautés microbiennes du gros intestin équin. Ceci peut provoquer des changements importants conduisant à des déséquilibres et parfois à l’apparition de pathologies (colites, fourbures).

Effect of farming system on donkey milk composition

“…Butyrivibrio sp. bacteria were also identified as main components of equine gastrointestinal compartments . This would appear to suggest that a small part of ingested C18:3 n ‐3 may have been biohydrogenated by these bacteria to C18:1 t11, which could have been desaturated to CLAc9t11 in the mammary gland.…”

“…These bacteria are also the main cellulolytic bacteria in the equine gastrointestinal compartments. Similarly, Megaspheraelsdenii and Streptococcus bovis , which are among the main amylolitic bacteria of the cow's rumen, are also important components of the gastrointestinal flora of equine . Streptococcus bovis also plays a proteolytic role in the rumen .…”

“…bacteria were also identified as main components of equine gastrointestinal compartments. 33,34 This would appear to suggest that a small part of ingested C18:3n-3 may have been biohydrogenated by these bacteria to C18:1 t11, which could have been desaturated to CLAc9t11 in the mammary gland. This hypothesis also appears to be supported by the higher concentrations of both C18:1 t11 and CLAc9t11 in the milk of Farm 3, in which the donkeys were fed at pasture.…”

“…Similarly, Megaspheraelsdenii and Streptococcus bovis, which are among the main amylolitic bacteria of the cow's rumen, are also important components of the gastrointestinal flora of equine. 34,37 Streptococcus bovis also plays a proteolytic role in the rumen. 35 The changes in microbiota population in the gastrointestinal compartments of equine fed grass or concentrate diets 33 are also in line with the findings observed for the rumen population in cows, 35 which would therefore suggest a similar regulation mechanism of the microbiota in cow rumen and equine gastrointestinal compartments.…”

Saccharomyces cerevisiaeas a probiotic feed additive to non and pseudo‐ruminant feeding: a review

“…One of the major concerns in the production of horses is the disruptions of the composition and/or activity of hindgut microbiota that lead to altered digestive health and onset of colic (Sadet‐Bourgeteau and Julliand ). The digestive system of the horse has a faster passage rate, leaving the microflora of the large intestine with less time to carry out fermentation, this leads to accumulation of lactate and reduction in pH leading to subclinical acidosis in the caecum‐colon, consequently increasing the horses’ susceptibility to colic pain or laminitis (Jouany et al ; de Rezende et al ).…”