Diversos organismos internacionales coinciden en la importancia de la vacunación, sin embargo, también existen grupos antivacunas que suelen aparecer en los medios de comunicación haciendo frente a sus ideas. Esta situación impone un desafío para los docentes que quieren abordar esta temática particular en las aulas. En general, cuando los sujetos deben tomar decisiones sobre este tópico, u otros, suelen apelar a sus concepciones del sentido común que, según diversos autores, pueden entenderse como la expresión de ciertos patrones generales de pensamiento, algunos de los cuales pueden considerase obstáculos epistemológicos desde el punto de vista didáctico. Conocer estos obstáculos epistemológicos puede servir para trabajarlos de manera explícita en el aula, con el objetivo de fomentar una regulación metacognitiva de estos. En este trabajo exploratorio nos proponemos identificar posibles obstáculos epistemológicos que se ponen en juego al tratar la temática de la vacunación en estudiantes de nivel medio. Utilizando un enfoque de tipo cualitativo interpretativo se realizó un análisis de producciones escritas de 77 estudiantes de nivel medio (15-16 años). Encontramos que las concepciones de los estudiantes pueden hallarse atravesadas por diversos obstáculos epistemológicos tales como el razonamiento unicausal, el razonamiento centrado en el individuo, el determinismo o el positivismo ingenuo. Conocer estos obstáculos epistemológicos puede ayudar a pensar en procesos de enseñanza que fomenten la regulación metacognitiva, con el objetivo último de fomentar el pensamiento crítico.