Phalloceros caudimaculatus está distribuída no Brasil, Argentina e Uruguai, na porção inferior do rio Uruguai, na bacia do rio Mampituba, no sistema da Laguna dos Patos e drenagens costeiras da Argentina e Uruguai. No Brasil, ocorre nos estados de Santa Catarina e Rio Grande do Sul. A espécie é frequente e abundante. Como não foram identificadas ameaças diretas que coloquem sua população em risco de extinção no futuro próximo, Phalloceros caudimaculatus foi categorizada como Menos Preocupante (LC).