Os quintais caracterizam opções de uso da terra para conciliar a produção agrícola e florestal, simultaneamente à conservação dos recursos naturais. Este presente trabalho objetivou caracterizar e identificar as espécies vegetais com potencial medicinal em 44 quintais, implantados e manejados por agricultores familiares, em comunidades rurais nos municípios de Alta Floresta (AF) e Nova Canaã do Norte (NCN), no Portal da Amazônia (MT). Foram feitas visitas guiadas durante o mês de agosto de 2017, a fim de mapear e identificar as espécies presentes. Foram identificadas 151 espécies com potencial medicinal (76 espécies em ambos os municípios, 38 exclusivamente em AF e 37 em NCN, sendo 38% exóticas e 62% nativas), pertencentes a 59 famílias botânicas (com destaque a Asteraceae, Lamiaceae, Fabaceae e Euphorbiaceae). As espécies estão distribuídas em três estratos, caracterizando consórcio agroflorestal (42% são herbáceas, 25% arbóreas, 23% arbustivas, 8% trepadeiras e 1% epífitas). Os resultados apontam ampla distribuição das espécies e diversificação nos quintais, nas diferentes comunidades, não existindo relação entre a idade/tamanho dos quintais e riqueza de espécies. A escolha de espécies pelos agricultores não segue um padrão, ou seja, a maioria não escolhe as mesmas espécies para o cultivo, e a distribuição dessas espécies em todos os estratos (arbóreo, arbustivo e herbáceo), nos quintais amostrados, indica seu potencial para a construção de consórcios agroflorestais. Destaca-se o elevado número de espécies medicinais do estrato superior, de porte arbóreo, importantes para a reinserção desse componente nas propriedades e comunidades, e na paisagem do Portal, caracterizada por desmatamentos.