(Copepoda, Rotifera, Cladocera and Protozoa: Amoeba Testacea) from natural lakes of the middle Rio Doce basin, Minas Gerais, Brazil.Abstract: A list of zooplankton species identified during ten years of studies in the lake system of the middle Rio Doce basin is presented. This lake system integrates the Atlantic Forest biome, a biodiversity hotspot. Three types of studies were achieved by the Brazilian Long Term Ecological Research Program (Brasil-LTER/PELD-UFMG site 4): i) a temporal study (study 1) which sampled four lakes monthly and three lakes twice a year during ten years; ii) a comparative study of limnetic and littoral species composition (study 2) and iii) a spatial study (study 3) that evaluated the species composition of eighteen lakes (eight lakes inside the Rio Doce State Park (RDSP) and ten lakes in its surrounding area) during one year with quarterly sampling. A total of 354 taxa were identified out of which 175 belong to the Rotifera, 95 to the Protozoa (Amoeba Testacea), 55 to Cladocera and 25 to Copepoda. Although many identified species where common in tropical environments, we present new records for the Middle Rio Doce basin. The group of lakes outside the RDSP showed higher exclusive species compared to lakes inside the RDSP. This pattern may be due to higher disturbance intensity and frequency to which the lakes outside RDSP are subjected, being an important factor affecting community structure. These aquatic ecosystems presents more than half of the zooplankton species registered for the Minas Gerais State and is, undoubtedly, one of the Brazil's priorities for conservation, sustaining high diversity in a very small, limited and threatened region. Resumo: Uma lista das espécies de zooplâncton identificadas durante dez anos de estudos no sistema de lagos do médio Rio Doce é apresentada. Este sistema de lagos faz parte do bioma da Mata Atlântica, um hotspot de biodiversidade. Três tipos de estudos foram conduzidos pelo Programa de Pesquisas Ecológicas de Longa Duração (PELD-UFMG site4): i) um estudo temporal, que amostrou quatro lagoas mensalmente e três lagoas semestralmente durante dez anos; ii) um estudo comparativo entre a composição de espécies da região limnética e litorânea e iii) um estudo espacial que avaliou a composição de espécies de dezoito lagoas (oito dentro dos limites do Parque Estadual do Rio Doce (PERD) e dez na sua região do entorno) durante um ano com amostragens trimestrais. Um total de 354 taxa foram identificados sendo 175 pertencentes a Rotifera, 95 a Protozoa (Amoeba Testacea), 55 a Cladocera e 25 a Copepoda. Embora muitas espécies identificadas sejam comuns a ambientes tropicais, são apresentados novos registros para a bacia do Médio Rio Doce. O grupo de lagos fora do PERD apresentou uma maior riqueza exclusiva comparado ao grupo de lagoas dentro do PERD. Este padrão pode ser devido a maiores frequência e intensidade de distúrbios aos quais as lagoas fora do PERD estão sujeitas, já que este é um fator importante que afeta a estruturação de comunidades. Este ecossi...