A decision on a military strategic environment, such as the selection of a new naval base, is a complex process and involves various criteria. In this context, few studies are available on the problems of military-naval transport decisions. Therefore, the aim of this paper is to present a maritime transport case study using a multi-methodology framework in a process of strategic decision making in logistics. Through a review of the literature, normative documents from the Brazilian armed forces, and interviews with military officers, criteria and preferences were identified and a hierarchical structure was constructed for a case study in the Brazilian Navy-the location of the second Fleet Headquarters. The results indicated that São Marcos Bay, in Maranhão State, was the best location among the alternatives. The multi-criteria approach was shown to be a valuable tool in assisting the decision making process and to understand the trade-offs between strategic and operational criteria in a transport decision.Resumo: Decisões em um ambiente estratégico-militar, como a seleção de uma nova base naval, são processos complexos e que envolvem diversos critérios. Neste contexto, poucos estudos estão disponíveis sobre o problema de tomada decisão em transporte militar-naval. Portanto, o objetivo deste artigo é apresentar um estudo de caso utilizando um método multicritério em um processo de tomada de decisão estratégico-militar em logística. Por meio da revisão da literatura, de documentos normativos das Forças Armadas e de entrevistas com militares, foram identificados os critérios, as preferências e foi construída a estrutura hierárquica para um caso real da Marinha do Brasil, na localização da segunda sede da Esquadra na costa Norte e Nordeste brasileira. O resultado indicou que a Baía de São Marcos, no Maranhão, é a melhor localização entre as alternativas consideradas. O método multicritério demostrou ser uma ferramenta válida para auxiliar no processo decisório e para entender as compensações entre os critérios estratégicos e operacionais em uma decisão de transporte.Palavras-chave: seleção de portos; transporte marítimo; análise de decisão; MCDA; marinha do brasil.