Long-term storage at tropical temperature of dried-blood filter papers for detection and genotyping of RNA and DNA viruses by direct PCR

Michaud, Vincent; Gil, Patricia; Kwiatek, Olivier; Prome, Sylvie; Dixon, Linda K.; Romero, Luis; Potier, M.F. Le; Arias, Marisa; Couacy‐Hymann, Emmanuel; Roger, François; Libeau, Geneviève; Albina, Emmanuel

doi:10.1016/j.jviromet.2007.07.006

Cited by 61 publications

(49 citation statements)

References 39 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…W istocie wydajność izolacji RNA była podobna w próbkach zabezpieczonych w różnych odstępach czasowych (śred-nio ok. 20 ng/µl), przy czym możliwość oznaczenia ekspresji GAPDH stopniowo malała wraz z upływem czasu. Tym samym wskazane jest podjęcie dalszych badań zmierzających do weryfikacji, czy stopień degradacji mRNA na kartach FTA wraz z upływem czasu można zmniejszyć za pomocą głębokiego mrożenia plam krwi zabezpieczonej na kartach FTA Classic Card (Whatman) [9][10][11].…”

Section: Discussionunclassified

“…Notably, the efficiency of RNA isolation was similar in samples collected at various time points (on average approximately 20 ng/µl), but the possibility of determining GAPDH expression decreased gradually with time. In view of the findings above, further studies are warranted to verify whether the degree of degradation affecting mRNA stored on FTA cards over time can be reduced by deep freezing bloodstains collected on FTA Classic Cards (Whatman) [9][10][11].…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

See 1 more Smart Citation

RNA isolation from bloodstains collected on FTA cards – application in clinical and forensic genetics

Skonieczna¹,

Styczyński²,

Krenska³

et al. 2016

amsik

View full text Add to dashboard Cite

StreszczenieCel pracy: W ostatnich latach coraz częściej zwraca się uwagę na przydatność analiz RNA w badaniach z zakresu genetyki klinicznej oraz sądowej. Znaczącym problemem podczas prac nad RNA jest jednak jego niska stabilność wynikająca z aktywności RNAz. Tym samym unaocznia się potrzeba doskonalenia metod odpowiedniego zabezpieczania materiału biologicznego do analiz RNA. Rozwiązania technologiczne w postaci kart FTA (Whatman) mogą być uży-teczne w kontekście zabezpieczania, transportu i przechowywania materiału biologicznego do badań RNA. Jednakże na ilość i jakość RNA uzyskiwanego z kart FTA mogą mieć wpływ różne warunki jego izolacji. Celem niniejszej pracy była analiza wydajności trzech metod izolacji RNA z krwi obwodowej zabezpieczonej na kartach FTA Classic Card (Whatman) oraz ocena stabilności RNA w plamach krwi zabezpieczonych na takich kartach. Materiał i metody: Badania przeprowadzono na plamach krwi zabezpieczonych na FTA Classic Card (Whatman) od 59 osób. RNA wyizolowano z wykorzystaniem High Pure RNA Isolation Kit (Roche Diagnostics), Universal RNA/ miRNA Purification (EURx) oraz TRIzol Reagent (Life Technologies). RNA poddano ocenie ilościowej, a następnie przeprowadzono odwrotną transkrypcję oraz PCR w czasie rzeczywistym. Wyniki: Przeprowadzone badania wskazują, że karty FTA Classic Card (Whatman) stanowią użyteczne podłoże do przechowywania w temperaturze pokojowej plam krwi do badań RNA. Ponadto wykazano, że metoda izolacji z wykorzystaniem odczynnika TRIzol Reagent (Life Technologies) charakteryzuje się najwyższą skutecznością i wydajnością w przypadku próbek przechowywanych do około 2 lat. Wnioski: Przeprowadzone badania wykazały, że karty FTA mogą stanowić użyteczne podłoże do badań RNA w genetyce klinicznej i sądowej.Słowa kluczowe: plamy krwi, RNA, degradacja RNA, ekspresja genów, karty FTA. AbstractAim of the study: In recent years, RNA analysis has been increasingly used in clinical and forensic genetics. Nevertheless, a major limitation of RNA-based applications is very low RNA stability in biological material, due to the RNAse activity. This highlights the need for improving the methods of RNA collection and storage. Technological approaches such as FTA Classic Cards (Whatman) could provide a solution for the problem of RNA degradation. However, differ- WprowadzenieProfilowanie DNA uzyskanego z materiału biologicznego w postaci krwi jest powszechnie wykorzystywane w genetyce sądowej do badań pokrewieństwa, indywidualizacji plam zabezpieczonych na miejscu zdarzeń kryminalnych, a także do identyfikacji ofiar katastrof czy wypadków. W ostatnich latach coraz częściej zwraca się również uwagę na przydatność analiz RNA w badaniach genetyczno--sądowych. Ostatnie doniesienia wskazują na uży-teczność mRNA w odróżnianiu m.in. krwi obwodowej od menstruacyjnej [1], co może mieć istotne znaczenie w ustalaniu szczegółów przebiegu przestępstwa [za 2]. Ponadto analiza ekspresji genów we krwi może być również informatywna w określaniu przyczyny zgonu, np. na skutek niedotlenienia, uduszenia czy ...

show abstract

Section: Discussionunclassified

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

RNA isolation from bloodstains collected on FTA cards – application in clinical and forensic genetics

Skonieczna¹,

Styczyński²,

Krenska³

et al. 2016

amsik

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…This method allows molecular detection and genotyping of viruses when stored over long periods at elevated temperatures. Filter papers with dried blood containing viruses can be cut in small pieces and added directly to the tube for conventional PCR (Michaud et al 2007). Alternatively, the nucleic acid can be eluted using elusion buffer and used for amplification purposes.…”

Section: Sample Collectionmentioning

confidence: 99%

“…There is also an alternative method where the genomic nucleic acid is not extracted to perform the reaction, the direct PCR (Michaud et al 2007). The PCR product is relatively large and can provide a template for sequencing and subsequent phylogenetic analysis.…”

Section: Conventional Rt-pcrmentioning

confidence: 99%

Current Advances in Genome Detection of Peste des Petits Ruminants Virus

Couacy‐Hymann

2014

Peste Des Petits Ruminants Virus

View full text Add to dashboard Cite

Molecular techniques have given various opportunities to detect the genome of peste des petits ruminants virus (PPRV) at high resolutions, and these powerful methods are very sensitive and specific. In the past, radioisotope-based techniques have been used for diagnostic purposes. However, because of associated hazards these may cause to human and environment, the radioelement hybridization techniques are no more in use. Alternative techniques such as hybridization with the digoxigenin/anti-digoxigenin system have been developed and are being practised. Moreover, genome amplification with different polymerase chain reaction (PCR) chemistries (conventional PCR, real-time PCR, multiplex real-time PCR, LAMP-PCR) has been developed to easily detect genome of PPRV, independent of lineage variations. Prior to these, adequate samples should be taken from sick animals and should be well conserved and transported rapidly to the laboratory for analysis. Despite convincing performance of these new diagnostic methods, currently, it is not possible to directly differentiate lineages of PPRV strains, which are now prevalent without distinct geographical demarcation. Currently, the amplified PCR products are sequenced to determine genetic classification of PPRV lineages and to establish epidemiological links.

show abstract

“…Extracellular RNA persists in the blood plasma of mammals. In one medical study, a single-stranded RNA virus survived in animal blood samples stored on filter paper at 32°C for 3 months (Michaud et al 2007). Research should be conducted to determine if environmental persistence is affected by the ribonucleotide sequence; some RNAs could be more stable or resistant to degradation.…”

Section: Environmental Persistence and Abundance Of Small Rnasmentioning

confidence: 99%

Small RNAs for Crop Improvement: Applications and Considerations for Ecological Risk Assessments

Auer

2011

RNA Technologies

View full text Add to dashboard Cite

The world faces many challenges in the development of crop systems that produce more food, fiber, and biofuels while minimizing environmental impacts. Today, the central dogma of "one gene, one protein" has been supplanted by a realization that small RNA molecules have profound effects in plants and can be engineered to create novel crop traits. Crop improvement using small RNAs has potential in two broad areas: (1) modifying metabolic and biochemical pathways and (2) silencing genes in pest organisms to provide plant protection. In the USA, genetically engineered (GE) crops have been grown since 1992 with RNA-mediated

show abstract

Long-term storage at tropical temperature of dried-blood filter papers for detection and genotyping of RNA and DNA viruses by direct PCR

Cited by 61 publications

References 39 publications

RNA isolation from bloodstains collected on FTA cards – application in clinical and forensic genetics

RNA isolation from bloodstains collected on FTA cards – application in clinical and forensic genetics

Current Advances in Genome Detection of Peste des Petits Ruminants Virus

Small RNAs for Crop Improvement: Applications and Considerations for Ecological Risk Assessments

Contact Info

Product

Resources

About