Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assays for detection of Theileria parva infections targeting the PIM and p150 genes

Thekisoe, Oriel; Rambritch, Natasha E; Nakao, Ryo; Bazie, Raoul S; Mbati, Peter A.; Namangala, Boniface; Malele, Imna; Skilton, Robert A.; Jongejan, Frans; Sugimoto, Chihiro; Kawazu, Shin-ichiro; Inoue, Noboru

doi:10.1016/j.ijpara.2009.07.004

Cited by 29 publications

(27 citation statements)

References 26 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…However, the strategy is still prone to false positives that can result from amplicon handling and formation of primer dimers (Njiru et al, 2008b). Additionally, the use of highly concentrated DNA of >200 ng can inhibit LAMP amplification (Njiru et al, 2008a;Thekisoe et al, 2009). In this study, the amplification of the desired target was unequivocally confirmed through digestion with Alu1 enzyme which gave the predicted 83 bp and 89 bp sizes.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 67%

Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) test for detection of Trypanosoma evansi strain B

Njiru

Ouma

Enyaru

et al. 2010

Experimental Parasitology

View full text Add to dashboard Cite

Please cite this article as: Njiru, Z.K., Ouma, J.O., Enyaru, J.C., Dargantes, A.P., Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) test for detection of Trypanosoma evansi strain B, Experimental Parasitology (2010), doi: 10.1016/j.exppara. 2010.01.017 This is a PDF file of an unedited manuscript that has been accepted for publication. As a service to our customers we are providing this early version of the manuscript. The manuscript will undergo copyediting, typesetting, and review of the resulting proof before it is published in its final form. Please note that during the production process errors may be discovered which could affect the content, and all legal disclaimers that apply to the journal pertain. ACCEPTED MANUSCRIPT

show abstract

Section: Discussionmentioning

confidence: 67%

Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) test for detection of Trypanosoma evansi strain B

Njiru

Ouma

Enyaru

et al. 2010

Experimental Parasitology

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Bu çalışmada, kullanılan diğer gen bölgelerini çoğaltan sı-rasıyla Mero21, 25, 26, Tams417 ve CYTOB288 pimer çiftlerinden herhangi bir ürün elde edilememiş, bunun yanında Tams416, 898 primer çiftleri T. annulata'nın Tunus, Umbanein, Akçaova ve Dalama izolatlarını özgül olarak çoğaltamamıştır (Tablo 2). Yapılan çalışmalarda, T. parva'nın LAMP yöntemi ile belirlenmesinde kullanı-lan p67 ile 18S primer çiftleri de sadece belli izolatlarda çoğalma sağlayabilmiştir (30). Bunun yanında, HSP70 genine özgü tasarlanan primerlerin T. annulata/T.…”

Section: Tartışma Ve Sonuçunclassified

“…parva/T. mutans ve T. taurotragi etkenlerinin eş zamanlı tespitinde kullanılabilecek üniversal bir primer olduğu belirtilmiştir (30). Diğer taraftan, Iseki ve ark.…”

Section: Tartışma Ve Sonuçunclassified

“…(28) tarafından belirtilenin aksine LAMP PZR'ye oranla 10 kez daha duyarlı olmayıp eşit duyarlılık göstermiştir. Bir diğer çalışmada ise; T.parva'nın LAMP yöntemi ile tespitinde kullanılan tek kopyalı PIM ve p150 gen bölge-lerine özgü primerlerin duyarlılığının 1 fg olduğu, P104 primer çiftlerinin ise PZR'ye oranla duyarlılığının daha düşük olduğu bildirilmiş ve saha şartlarında testin duyarlılığının değerlendirilmesi gerektiği vurgulanmıştır (30).…”

Section: Tartışma Ve Sonuçunclassified

“…Bu çalışmada, CYTOB1 LAMP ile 400 ng'a kadar saflaştırılmış piroplazmlardan elde edilen DNA'lar başarı ile çoğaltılmış ve daha önceki bildirimlerin aksine reaksiyonda başlangıç hedef DNA miktarı arttıkça testin duyarlılığınında arttığı belirlenmiştir. Ayrıca, CYTOB1 LAMP yöntemi saflaştırılmış piroplasm DNA'larını, D7 hücre kültürü DNA dilüsyonlarına oranla 10 5 (30). LAMP yönteminin kültür vasatına ve bazı biyolojik bileşenlere karşı tolerans gösterdiği yapılan çalışmalarda belirlenmiştir (11).…”

Section: Tartışma Ve Sonuçunclassified

See 2 more Smart Citations

Theileria annulata DNA’sının loop aracılı izotermal yöntemle (LAMP) çoğaltılması

KARAGENÇ¹

2017

Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi

View full text Add to dashboard Cite

Özet: Son yıllarda polimeraz zincir reaksiyonuna (PZR) alternatif olarak termal siklus kullanmadan izotermal koşullar altında hedef bölgelerin çoğaltılmasına olanak sağlayan LAMP (loop mediated isothermal amplification) gibi yeni teknikler geliştirilmiştir. LAMP, yüksek özgünlükte ve kısa zamanda çok sayıda hedef DNA kalıbının çoğaltılabildiği ve elde edilen ürünün kolay ve hızlı tespitine olanak veren bir yöntemdir. Bu çalışmada, Theileria annulata'nın merozoit yüzey antijeni (Mero1), 30 kDa major merozoit yüzey antijeni (Tams-1) ve sitokrom b genlerini çoğaltmak için özgül olarak tasarlanan primer çiftleri kullanılarak, hasta ve taşıyıcı sığırlarda T. annulata'nın tespitinde LAMP yönteminin özgüllük ve duyarlılığı değerlendirilmiştir. En yüksek duyarlılığa sahip olan primer çiftleri ile LAMP'ın sahadan toplanan örneklerde uygulanabilirliği araştırılmıştır. Sitokrom b genine özgü iki primer çiftinin (CYTOB1 ile CYTOB341) T. annulata'nın farklı izolatlarını özgül olarak çoğalttığı ve BL20 ve diğer türlere ait DNA'larda ise herhangi bir çoğalma olmadığı belirlenmiştir. CYTOB1 primerleri 2 fg'a kadar T. annulata Ankara / D7 DNA'sını tespit edebilmiş, bununla birlikte CYTOB341'in duyarlılığı CYTOB1'ye oranla 10 kat düşük bulunmuştur. Yapılan analizlerde, CYTOB1 LAMP'ının duyarlılığı F3/B3 PZR ile aynı bulunmuş, ancak CYTOB1 F3/B3 PZR'in duyarlılığının cytob1 PZR'ye oranla 10 kat daha az olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, LAMP ürünlerinin özgüllükleri restriksiyon enzimi ile keserek ve sekans analizleri ile doğrulanmıştır. Elde edilen sonuçlar, sitokrom b geni dışında hedef gen bölgelerine (Tams-1 ve Mero1) özgü tasarlanan primer çiftlerinin hiçbirinin T. annulata'nın farklı izolatlarını özgül ve duyarlı olarak tespit etmediğini göstermiştir. Sonuç olarak, CYTOB1 LAMP yönteminin T. annulata'nın saha şartlarında tespitinde kullanılabilirliğinin cytob1 PZR'ye oranla düşük olduğu saptanmıştır.Anahtar sözcükler: DNA, LAMP, tanı, Theileria annulata. Loop mediated isothermal amplification (LAMP) of Theileria annulata DNASummary: In the past three decades, as an alternative to PCR (polymerase chain reaction) new diagnostic techniques like LAMP (loop mediated isothermal amplification) whereby target DNA can be amplified under isothermal conditions without using thermocycler have been developed. The LAMP method allows the synthesis of large amounts of DNA in a short time with high specificity and rapid and easy detection of generated products. In this study, specificity and sensitivity of LAMP method was evaluated for the detection of T. annulata in acute infected and/or carriers cattle using primer pair specifically designed to amplify merozoite surface antigen gene (Mero1), 30 kDa major merozoite surface antigen gene (Tams-1) and cytochrome b gene of T.annulata. Primer pairs with highest sensitivity were used to evaluate the applicability of LAMP to the field samples. Two LAMP primers (CYTOB1 and CYTOB341) targeting cytochrome b gene specifically amplified DNA of different T. annulata isolates successfully...

show abstract

Direct Detection of Theileria annulata in Bovine Blood Samples Using Standard and Isothermal DNA Amplification Approaches

Gomes

Inácio

2014

Veterinary Infection Biology: Molecular Diagnostics and High-Throughput Strategies

View full text Add to dashboard Cite

Tropical theileriosis is a tick-borne disease responsible for important health problems in cattle, caused by the hemoprotozoan Theileria annulata. Traditionally, detection of Theileria pathogens in infected animals requires the microscopic examination of stained-blood smears and serological methods. Molecular diagnostic assays have been developed for the detection of Theileria parasites, including PCR-based and reverse line blotting approaches, but these methods usually demand qualified personnel, complex instrumentation, and expensive materials. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) can facilitate the design of molecular assays independent of the use of sophisticated equipment. In this chapter we describe the application of two molecular assays for the direct detection of T. annulata in bovine blood samples, based in real-time PCR and LAMP, both targeting the Tams1-encoding gene of this parasite.

show abstract

Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assays for detection of Theileria parva infections targeting the PIM and p150 genes

Cited by 29 publications

References 26 publications

Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) test for detection of Trypanosoma evansi strain B

Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) test for detection of Trypanosoma evansi strain B

Theileria annulata DNA’sının loop aracılı izotermal yöntemle (LAMP) çoğaltılması

Direct Detection of Theileria annulata in Bovine Blood Samples Using Standard and Isothermal DNA Amplification Approaches

Contact Info

Product

Resources

About