O estudo objetiva descrever a magnitude, as características da mortalidade e da letalidade por doença meningocócica e investigar preditores de óbito por essa causa, no Município de São Paulo, Brasil, de 1986 a 2004. Utilizou-se a regressão logística múltipla não condicional para a investigação dos preditores de óbitos. Foram estudados 10.087 casos de doença meningocócica no município. A taxa anual média de mortalidade foi de 1,0/100 mil habitantes/ano, variando de 0,2 a 1,8; a letalidade foi de 20,5% com grandes diferenças segundo idade, sorogrupo e tipo de hospital. Os preditores de óbito por doença meningocócica foram idade, especialmente as faixas etárias de um a dois anos e de 40 anos ou mais e o sorogrupo W. Os resultados obtidos podem contribuir para a elaboração de políticas públicas com foco na organização da assistência hospitalar e elaboração de protocolos que promovam a maior efetividade do tratamento e a aplicação de estratégias de vacinação que diminuam a incidência nos grupos de maior risco para óbito por doença meningocócica.