Método automático de determinação de clados utilizando algoritmo de detecção de comunidades

Algoritmos de estimação de distribuição baseados em árvores filogenéticas

“…Por outro lado, conforme mostrado em Rokas et al (2003), trabalhar com grande número de sequências é fundamental para reduzir a proporção de relações incongruentes de uma filogenia. Em Mansour (2013), mostra-se que é possível reduzir incongruências a partir de várias filogenias produzidas por métodos de agrupamento, como o CPA proposto no Capítulo 6 (ver Seção 3.1), com a vantagem deste possuir custo computacional significativamente mais baixo.…”

“…Uma rede pode também ser composta a partir de um conjunto de árvores (que representam de forma hierárquica relações entre variáveis, nós), conforme proposto em Mansour (2013). Esse conjunto pode ser obtido por um processo de reamostragem utilizando várias vezes um algoritmo de construção de árvore (NJ, por exemplo) sobre os dados reorganizados (como por exemplo na reamostragem por Bootstrap, Felsenstein (2003)).…”

“…Um outro aspecto revelante para o desenvolvimento de EDAs a partir do particionamento gerado pelo CPA é que esse particionamento é significativamente confiável. Conforme mostrado em Mansour (2013), os clados obtidos por uma estratégia similar a do CPA aproximam os clados de uma filogenia construída pelo método de Inferência Bayesiana (Ronquist & Huelsenbeck, 2003;) (Capítulo 5) 2 para sequências de nucleotídeos com tamanhos variando de 12 a 500.…”

“…Com base no Capítulo 5 pode-se verificar que a diferença mais evidente entre a proposta deMansour (2013) e o CPA é a eficiência computacional. A maior qualidade dos clados identificados ocorre basicamente por reamostragens em mais estágios do CPA do que ocorre na outra proposta.…”