El objetivo del presente estudio fue determinar la presencia de patógenos fúngicos a partir de lesiones dermatológicas en grandes y pequeñas especies animales en clínicas veterinarias y refugios animales de Bogotá, Colombia. De un total de 30 caninos, 15 felinos y 2 equinos se obtuvieron muestras de raspado de piel (31) e hisopados óticos (26) y de piel (44), que fueron analizadas mediante examen directo, cultivo e identificación a nivel de especie. Se determinó la presencia de Microsporum canis y Malassezia spp. Según la especie animal predominaron M. canis (21.4%) en felinos y Malassezia pachydermatis (32.1%) en caninos. Según el tipo de muestra se detectó mayor frecuencia de M. canis en raspado de piel (21.4%) y Malassezia spp en hisopado ótico (21.4%).