Žarnyno mikrobiota – bakterijų, virusų, pirmuonių, archėjų, grybų ir parazitų rinkinys. Mokslininkams vis labiau domintis mikrobiotos svarba pacientų sveikatai, pastebėta, jog ji turi įtakos CNS vystymuisi, asmens psichinei būsenai per imuninius, endokrininius ir nervinius mechanizmus − stebimas sisteminis uždegimas, pakinta neuromediatorių ir neuromoduliatorių kiekiai. Dažniausiai literatūroje apžvelgiamos žarnyno mikrobiotos ir depresijos, autizmo, obsesinio kompulsinio sindromo, šizofrenijos sąsajos, stebimos bakterijų translokacijos, kurios koreliuoja su psichiatrinių sutrikimų simptomų atsiradimu ar jų sustiprėjimu.