RESUMO: O Mesoclemmys vanderhaegei (Testudines: Chelidae) é um quelônio de água doce cuja ocorrência é descrita nas bacias dos rios Amazonas, Tocantins, Paraguai, Paraná e Uruguai. Consta na lista vermelha de espécies ameaçadas da International Union for Conservation of Nature, como espécie de baixo risco, mas que poderá se tornar ameaçada, sendo necessário a atualização de seus dados ecológicos e biológicos. Considerando que planos de manejo e conservação de espécies dependem também de vasto conhecimento sobre a biologia reprodutiva, apresentamos a primeira descrição macroscópica dos órgãos genitais de fêmeas jovens e adultas de M. vanderhaegei correlacionando esses achados ao tamanho do espécime e ao período do ano. Exemplares de M. vanderhaegei foram coletados no município de Chapada dos Guimarães, área de ampla ocorrência natural da espécie. A descrição dos órgãos genitais foi realizada a partir de 17 fêmeas fixadas em formol a 10% e dissecadas para evidenciação de particularidades relacionadas à anatomia externa e interna. Os órgãos genitais M. vanderhaegei jovens e adultas são constituídos por pares de ovários e ovidutos que desembocam dorsolateralmente na cloaca, formando junto com o ureter a papila urogenital. Os ovários são órgãos alongados, com a extremidade cranial mais larga e caudal afunilada, já os ovidutos são longos e localizados lateralmente aos ovários, sendo em adultas, muito diferenciado na sua forma e tamanho em relação ao das jovens. Em ambas faixas etárias, os órgãos genitais são sustentados por pregas de membrana celomática que emergem do teto da cavidade, constituindo os mesovário e mesoviduto. De acordo com a forma e o padrão de mucosa do oviduto em fêmeas adultas, o segmento cranial corresponde as regiões do infundíbulo e magnum, o segmento médio, ao istmo e no caudal identificam-se as regiões útero e vagina. No assoalho do urodeum aloja-se o clitóris. O comprimento retilíneo de carapaça e massa corpórea entre fêmeas imaturas e adultas variam, respectivamente, entre 134-155,6mm e 134,43-365g. A maioria das fêmeas jovens foram capturadas no período chuvoso e as adultas sem e com ovos no período seco. As características macroscópicas dos órgãos genitais observadas em M. vanderhaegei são compartilhadas com outros Testudines, exceto pela papila urogenital e presença do clitóris.