RESUMO -Este estudo teve como objetivo inventariar as espécies do gênero Gomphonema Ehrenberg presentes no perifíton em córregos prístinos situados no Parque Nacional de Brasília, no Parque Nacional da Chapada dos Veadeiros e no Parque Estadual de Terra Ronca, localizados na Região Centro-Oeste do Brasil. As amostragens foram realizadas entre os anos de 2012 e 2013 (estações chuvosa e seca), e o perifíton foi coletado em sete diferentes substratos, sempre que presentes (seixos, silte, tronco de árvore, macrófitas, areia, folhiço e raiz) e períodos sazonais. Um total de 10 táxons foi identificado. A espécie Gomphonema sp.2 ocorreu em todos os córregos analisados. Gomphonema lagenula e G. brasiliense foram as espécies que apresentaram maior frequência de ocorrência em ambos os períodos sazonais. Este estudo contribuiu com três citações pioneiras para a Região Centro-Oeste (G. brasiliense subsp. pacificum, G. laticollum e G. pseudoaugur).Palavras-chave: diatomáceas, parques nacionais e estadual, perifíton, taxonomia ABSTRACT -Gomphonema Ehrenberg (Bacillariophyta) of pristine streams in the Brazilian Cerrado. This study aimed to survey the species of Gomphonema Ehrenberg in pristine Cerrado streams located in the Brasilia National Park, Chapada dos Veadeiros National Park and Terra Ronca State Park, located in the midwestern region of Brazil. Samples were taken between the years 2012 and 2013 (rainy and dry seasons), with the periphyton collected from seven different substrates, whenever they were present (pebbles, silt, tree trunk, macrophytes, sand, leaf litter and root). We identified 10 taxa in this study. The species Gomphonema sp.2 was present in all streams, and G. lagenula and G. brasiliense were the species with the highest frequency of occurrence in both seasonal periods. This study contributed with three species cited for the first time for the midwestern region (G. brasiliense subsp. pacificum, G. laticollum and G. pseudoaugur).