Las afecciones del sistema respiratorio, tienen un papel fundamental en la disminución del desempeño atlético de los equinos, los exámenes como la broncoscopia que se realiza con endoscopio flexible, y citológicos (lavados transtraqueales y broncoalveolares), han sido usados como métodos de diagnóstico en animales con sintomatología de deficiencia respiratoria. Durante los últimos años su implementación ha tenido un notable aumento debido a su eficacia en los dictámenes, lo que se traduce, en disminución de tiempo y costos de tratamientos. En el presente estudio, se tomaron muestras a diez equinos sin raza definida, con edades entre los 7 y 15 años, provenientes de la clínica de grandes animales del hospital veterinario de la Universidad Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), los cuales nueve eran usados para la tracción de carrosa en la zona metropolitana y uno para carreras hípicas de Porto Alegre. A todos los animales se les realizó examen clínico general, enfatizando en las vías respiratorias, se realizaron cuatro endoscopias y se colectaron diez muestras de secreciones traqueales por medio de lavado y aspirado percutáneo. La suspensión celular de los lavados fue centrifugada, para realizar extendidos sobre láminas, que fueron coloreados por el método panóptico rápido (tinción diferencial), que permite la observación de células sanguíneas. Se realizó estadística descriptiva de las variables analizadas. Los animales presentaron frecuencia cardiaca 39.2 ± 1.44 latidos por minuto (lpm), frecuencia respiratoria 19.7 ± 2.37 respiraciones por minuto (rpm), temperatura 38.25 ± 0.08°C, hematocrito 34.7 ± 1.09%, recuento de eritrocitos 7.25 ± 0.27 x 106/ml, hemoglobina 11.34 ± 0.042 g/dl, volumen corpuscular medio 49.85 ± 0.96 fentolitros (fl), concentración de hemoglobina corpuscular media 32.77 ± 0.45 g/dl, plaquetas 183.8 ± 10.98 x 103/ml, proteínas plasmáticas totales 7.3 ± 0.13 g/dl, leucocitos totales 9.880 ± 470/ml, neutrófilos 5.910 ± 560/ml, eosinófilos 359.2 ± 70.8/ml, linfocitos 3.420 ± 420/ml y monocitos 339.8 ± 50.12/ml. En la citología del lavado traqueal se determinaron los porcentajes de células epiteliales en 42.3 ± 9.35, linfocitos 3.3 ± 1.13, macrófagos 20.1 ± 5.35, neutrófilos 26.4 ± 8.37 y eosinófilos 2.7 ± 1.78. Finalmente los resultados del examen endoscópico en los equinos fueron: 1) cantidad normal de moco y ausencia de bacterias (sanos), 2) aumento de la producción de moco y de bacterias en el medio extracelular y superficie de células escamosas, 3) degeneración celular y picnosis, 4) fagocitos y restos celulares, y 5) fungosis (hongos conídeos) en el fondo extracelular y fagocitosis, observándose cristales de hematoidina y procesos apoptóticos. Se concluye que la endoscopia y la citología del lavado traqueal son herramientas fundamentales para el diagnóstico de las enfermedades respiratorias, ya que permiten la identificación de trastornos funcionales, vislumbrando el tipo celular predominante, que ocasiona el proceso inflamatorio existente.