OPTIMASI METODE LOOP MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION UNTUK DETEKSI GEN gyrB Mycobacterium tuberculosis PADA SPESIMEN URIN

Abstract

Salah satu metode alternatif untuk pemeriksaan tuberkulosis (TB) adalah Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) dengan gen gyrB sebagai penandanya. Spesimen yang umumnya digunakan untuk pemeriksaan tersebut adalah sputum, namun proses pengambilan dan penanganannya cukup sulit. Maka dari itu, beberapa penelitian menyarankan menggunakan spesimen urin. Tujuan penelitian ini adalah menentukan kondisi optimum metode LAMP dalam mengamplifikasi gen gyrB dari Mycobacterium tuberculosis (MTB) pada spesimen urin. Spesimen urin yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari penderita TB di Puskesmas Cimahi Selatan. Penelitian diawali dengan isolasi deoxyribonucleic acid (DNA) dari urin, lalu gen gyrB diamplifikasi dengan metode LAMP. Amplifikasi dilakukan pada berbagai varian suhu yaitu 59-62 o C dan konsentrasi DNA template sebesar 25 ng/µL, 50 ng/µL, 100 ng/µL serta 200 ng/ µL. Amplikon divisualisasi dengan metode elektroforesis agarose. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen gyrB yang berukuran 320 bp hanya berhasil diamplifikasi dari DNA template dengan konsentrasi sebesar 100 ng/µL dan 200 ng/µL. Pita amplikon yang paling jelas dan tebal terlihat pada konsentrasi 200 ng/µL. Berdasarkan optimasi suhu amplifikasi diketahui bahwa gen gyrB berhasil diamplifikasi pada suhu 59-62 o C, namun pita yang paling tebal terbentuk pada suhu 61 o C. Berdasarkan hasil tersebut dapat disimpulkan bahwa gen gyrB dapat diamplifikasi secara optimum menggunakan metode LAMP pada suhu 61 o C dan dengan konsentrasi DNA template sebesar 200 ng/µL.