Our own molecular targets Data Bank (OOMT)

Abstract

RESUMO Os bancos de dados são uma ferramenta importante de gerenciamento de informações. A organização de alvos moleculares em um banco específico possibilita a rápida triagem de compostos protótipos e agiliza os ensaios biológicos, diminuindo os custos e o tempo de pesquisa de novos compostos(PDB). O PDB organiza um banco de dados de estruturas de macromoléculas biológicas, sendo atualmente uma ferramenta muito utilizada por diversos grupos de pesquisadores. Atualmente o PDB conta com diversos implementos para facilitar o uso e análise dos dados estruturais disponíveis, tornando-se um recurso extraordinário para a pesquisa biológica.De forma similar, a Triagem Virtual Inversa 2 (TVI) é uma ferramenta que permite a rápida identificação de novos alvos moleculares. Através da TVI é possível fazer a predição da atividade, bem como da seletividade de um composto e com isso obter um grupo de compostos para serem testados em ensaios biológicos. No entanto, embora as metodologias de TVI sejam 1 e-mail: anapaulacarregal@gmail.com Universidade Federal de São João del capazes de encontrar alvos moleculares específicos, nem sempre os ensaios biológicos estão disponíveis para as pesquisas brasileiras, dificultando os projetos de desenvolvimento de fármacos. Assim, o objetivo deste trabalho é a criação do nosso próprio banco de alvos moleculares, denominado de our own molecular targets data bank (OOMT), que será continuamente aperfeiçoado a fim de realizar ensaios de TVI e, posteriormente ensaios biológicos num curto período de tempo, integrando químicos sintéticos, medicinais e biólogos moleculares. O diferencial encontra-se na disponibilidade de realização dos ensaios biológicos no próprio campus. MATERIAL E MÉTODOSTodas as proteínas incluídas no OOMT são objetos de pesquisas experimentais na Universidade Federal de São João del-Rei (UFSJ/CCO). As estruturas cristalográficas foram obtidas do PDB. Para quantificar a similaridade entre o complexo cristalográfico obtido do PDB e o complexo obtido pela ancoragem molecular usando o Autodock Vina 3 , foi realizado um cálculo de desvio médio quadrático (root mean square deviation -RMSD,), através do software Discovery Studio Visualizer 2.5 4 . Aqueles complexos que apresentaram um RMSD menor ou igual a dois, foram incluídos no banco de dados, aqueles cujo valor excedia dois foram descartados. RESULTADOS E DISCUSSÃOA partir dos valores de RMSD foram incluídos 34 alvos no OOMT. A Figura 1 mostra a sobreposição dos ligantes cristalográficos das proteínas com código PDB 3BZ3 em A e 2VV9 em B. Essas proteínas apresentaram valores de RMSD de 0,325 e 0,520, respectivamente. Esses valores indicam que o programa Autodock Vina é capaz de reproduzir de maneira similar as interações intermoleculares dos complexos depositados no PDB.

Structure-Based Virtual Screening: From Classical to Artificial Intelligence

“…Some databases were created to store 3D structures of molecules. Some of the free databases include Protein Data Bank (PDB) (Berman et al, 2013), PubChem (Kim et al, 2016), ChEMBL (Bento et al, 2014), ChemSpider (Pence and Williams, 2010), Zinc (Sterling and Irwin, 2015), Brazilian Malaria Molecular Targets (BraMMT) (Nunes et al, 2019), Drugbank (Wishart et al, 2018), and Our Own Molecular Targets (OOMT) (Carregal et al, 2013). In addition, there are some commercially available databases such as the MDL Drug Data Report 1 Below we are going to present a brief explanation of each of these databases:…”

Success Case of the Application of Virtual High Throughput Screening Against Molecular Antimalarial Targets

“…10 It has been largely used to obtain the pharmacoforic conformation and the binding energy, of a set of compounds against a biological receptor. 11 In this context, our research group has studied specific targets building a database denoted by Our Own Molecular Targets (OOMT) 12 with 40 structures from Protein Data Bank (PDB) 13 and built by comparative homology modeling. 6 In a previous study, we performed virtual screening process on 10 compounds using OOMT database.…”

Virtual HTS and Free Energy Calculation of Brazilian Natural Compounds Using OOMT as Pharmacological Targets Database

“…In general, the first step in the development of a new drug is understanding of the molecular target of interest. The Our Own Molecular Targets (OOMT) is a bank of proteins containing selected molecular targets for cancer, malaria and dengue 3 . In this context, VS was carried out on natural compounds against molecular targets on OOMT for the identification of hits for diseases that require new therapeutic alternatives.…”