Atualmente, apesar dos inúmeros avanços científicos e tecnológicos na área de diagnósticos parasitológicos e no campo da saúde coletiva, as parasitoses intestinais ainda constituem um grave problema de Saúde Pública. Possuem distribuição cosmopolita, sendo altamente prevalentes tanto em países em desenvolvimento como em países desenvolvidos. Dentre essas infecções parasitárias, a giardíase, causada pelo protozoário Giardia duodenalis, é considerada a mais comum em humanos. Seu diagnóstico é geralmente realizado através da microscopia convencional, no entanto, dada a sua importância atual métodos moleculares têm sido desenvolvidos para a sua detecção. O objetivo desse trabalho é caracterizar morfológica e molecularmente amostras clínicas de crianças positivas para Giardia duodenalis no município de Parnaíba, Piauí. As amostras fecais foram processadas segundo o método de Faust, onde as positivas foram purificadas para posterior caracterização molecular. Em seguida, foi realizado a extração do material genético e realizada a PCR convencional, através da amplificação de segmentos dos marcadores bg e tpi. Posteriormente, foi elaborado o sequenciamento dos isolados, para identificação das assemblages.Foram analisados um total de 15 casos confirmados de giardíase em habitantes do município de Parnaíba-PI, dos quais, todos foram estratificados e caracterizados como pertencentes ao assemblage A, em que 13 casos (86,6%) relataram sintomas diarréicos e nove participantes (60%) referiram perda de peso. Ainda são necessários estudos que aprofundem o conhecimento acerca das enteroparasitoses, visto que há carência de mais informações sobre o patógeno e grande parte da população é pouco esclarecida no tocante a transmissão e sintomatologia destas, o que corrobora com os dados epidemiológicos.