Resumo Objetivos Conhecer a percepção da equipe de enfermagem da unidade neonatal sobre os cuidados prestados ao recém-nascido hospitalizado com estomia intestinal e discutir os fatores que interferem na assistência de enfermagem. Método Estudo exploratório, descritivo, com abordagem qualitativa. Participaram oito enfermeiros e oito técnicos de enfermagem que trabalham em uma Unidade Neonatal do Rio de Janeiro. Os dados foram coletados entre abril e junho de 2022, através de entrevista semiestruturada e análise de conteúdo. Resultados Emergiram duas categorias: “percepções da equipe de enfermagem quanto ao cuidar de recém-nascidos hospitalizados com estomias intestinais e a educação em saúde da família”; e “aspectos facilitadores e dificultadores da assistência de enfermagem ao recém-nascido com estomia intestinal e a importância da educação permanente no cenário da Unidade Neonatal”. Conclusão e implicações para prática O manejo de neonatos com estomias intestinais é atual e implica em cuidados de enfermagem com o estoma e pele do recém-nascido, estendendo-se para a prática da educação em saúde dos familiares. É desafiador o manejo de complicações, a indisponibilidade de materiais e o cuidado fragmentado. Tal achado pode subsidiar o desenvolvimento de intervenções de enfermagem sistematizada para os recém-nascidos e seus pais na unidade neonatal.