Resumo: Introdução: A mentoria é uma estratégia acadêmica que está cada vez mais presente no curso de Medicina por promover benefícios, como a criação de ambientes de acolhimento e afetividade, e discussão de conteúdos médicos e de temas relacionados à formação profissional. Entretanto, pouco se discute acerca dessa estratégia com finalidades científicas. Objetivo: Este estudo teve como objetivos descrever a implementação do programa de mentorias científicas, investigar a percepção dos estudantes sobre a sua implantação e execução, além de mensurar indicadores de êxito. Método: Trata-se de estudo seccional descritivo, realizado em um curso de graduação em Medicina, localizado em Salvador/Bahia. Foram incluídos estudantes do terceiro ao quarto ano da graduação. Aplicou-se um questionário virtual, estruturado, anônimo, com perguntas objetivas relacionadas ao perfil discente, às percepções sobre o programa de mentorias científicas e à publicação dos trabalhos de conclusão de curso (TCC). Resultado: Dos 143 estudantes participantes, houve predominância de solteiros (90,9%), pardos (46,2%), do sexo feminino (72,0%), com idade de 25,3 ± 5,54 anos, que não participaram de programas de iniciação científica (88,8%). Dentre aqueles que participaram das mentorias (n = 101), 97,1% afirmaram que elas contribuíram para o desenvolvimento do TCC, 98,0% se mostraram favoráveis à manutenção de sua oferta e 85,0% consideraram a estratégia inovadora. No recorte temporal de dois semestres letivos, apresentaram-se 131 TCC, dos quais 27,5% foram publicados contando com a participação de 19 professores, com média de 1,89 produção/professor. Conclusão: Os estudantes de Medicina são favoráveis à implementação do sistema de mentorias científicas, tendo essa estratégia se mostrado factível e eficaz.