<p>Se estimó la incidencia de enfermedades de raíz en manzanos de Chihuahua, México, y se identificaron trescientos aislados (hongos y Oomicetos) tomados del tejido de raíz y suelo de la rizosfera de árboles con síntomas de infección y libres de síntomas de enfermedad. Paralelamente, se aislaron e identificaron hongos putativamente antagonistas. Se determinó la patogenicidad de quince aislados seleccionados (ocho hongos y siete Oomicetos) sobre doce portainjertos de manzano bajo condiciones de invernadero. Adicionalmente, se evaluó la actividad antagónica <em>in vitro</em> de especies de <em>Trichoderma </em>y <em>Bacillus </em>contra siete de los Oomicetos seleccionados. La incidencia de daños infecciosos en raíz en 20 huertos analizados fue del 17% (1-40%). <em>Fusarium</em> fue el hongo más ampliamente distribuido (67.8%). La distribución del resto de los organismos fue variable. Se identificaron cuatro especies de <em>Trichoderma</em>, siendo <em>T</em>. <em>gamsii </em>la más ampliamente distribuida (72.5%). <em>Bacillus </em>spp., redujo sustancialmente el crecimiento radial (>90%, <em>p</em>=0.05) de <em>Phytophthora</em> <em>cactorum</em>. Once portainjertos fueron susceptibles al menos a <em>Pythium ultimum </em>y<em> Phytophthora cactorum</em> C3. Los portainjertos G.935, Standard y M.25 fueron los más resistentes con 0% de incidencia. Las especies antagonistas de ambos géneros inhibieron <em>in vitro </em>significativamente el crecimiento de <em>P. cactorum </em>(86.4-93.8%, <em>p</em>= 0.05), respecto a especies de <em>Pythium</em>, por lo que podrían ser utilizados como agentes de control biológico.</p>