La piña es uno de los principales cultivos de exportación en Costa Rica y la presencia de moho en el pedúnculo afecta su calidad en los mercados internacionales. El objetivo de esta investigación fue determinar en frutos de piña, en la cera aplicada sobre la fruta y en el aire de las cámaras de enfriamiento, la frecuencia de los principales hongos asociados al desarrollo de mohos en el pedúnculo. Se realizó un muestreo mensual de abril de 2012 a marzo de 2013 en empacadoras de Sarapiquí y Puntarenas, Costa Rica. En cada empacadora se muestreó: frutos luego del proceso-comercial que se realiza para exportación y almacenamiento, la cera aplicada sobre la superficie de las frutas y el aire de las cámaras de enfriamiento. Se realizó un análisis de frecuencia de los principales hongos recuperados por muestreo en cada zona, para la cáscara y el pedúnculo, la cera y el aire. Además, se comparó el crecimiento in vitro a 18°C de los hongos más frecuentes al finalizar los muestreos. El hongo más frecuente en las cámaras de enfriamiento, el pedúnculo y la cáscara de ambas zonas y en la cera de Sarapiquí fue Penicillium diversum, con valores entre 7% y 100%. Mientras que en la cera de Puntarenas únicamente destacó la presencia de un grupo de hongos de micelio blanco. P. purpureogenum, Penicillium sp., Talaromyces calidicanius y Cladosporium sp., fueron microorganismos también recuperados con alta frecuencia tanto en la fruta como en el aire de las cámaras de enfriamiento de ambas empacadoras. P. purpureogenum, P. diversum y T. calidicanius fueron las especies con mayor crecimiento in vitro. Se concluyó que el manejo integrado de P. diversum, P. purpureogenum y T. calidicanius es necesario si se desea evitar el desarrollo de moho en el pedúnculo de la piña.