Este artigo apresenta o desenvolvimento e a aplicação do WeGIA, um software livre criado para apoiar a gestão de instituições do terceiro setor no Brasil. Ele foi projetado para contribuir no enfrentamento dos desafios específicos dessas organizações, como a gestão de recursos, a transparência e a conformidade com regulamentações, incluindo a Lei Geral de Proteção de Dados. O software utiliza uma arquitetura modular e sua construção contou com o apoio de diversas equipes voluntárias de alunos do técnico em informática, ao longo dos anos. Além disso, apresentamos um estudo de caso que avalia sua utilização em uma Organização Não Governamental de resgate e acolhimento de animais e em duas Instituições de Longa Permanência para Idosos que aderiram ao uso do software para apoiar os processos de controle e transparência nestas instituições.