Protein sequence analysis of the Zika virus and the dengue virus using Smith Waterman algorithm

Pradana, Mohammad Syaiful; Amiroch, Siti

doi:10.1063/1.5094275

Cited by 5 publications

(7 citation statements)

References 3 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Penyakit ini tersebar terutama pada daerah iklim tropis termasuk Indonesia. Pada penelitian sebelumnya, di Indonesia terdapat empat jenis virus dengue atau demam berdarah [1]. Untuk melihat tingkat kesamaan (similarity) antara dua sekuens virus, dibutuhkan proses pensejajaran pada sekuens virus [2].…”

Section: Pendahuluanunclassified

“…Dengan nilai  adalah inersia yang bernilai antara 0.9-1.2, nilai 12 2 cc  , sedangkan nilai 1 r dan 2 r adalah bilangan acak antara (0,1). b. Update posisi partikel ( 1) ( ) ( 1) s s s X t X t V t     (14) c. Hitung fitness function posisi partikel ( ( 1)) S f X t  beserta nilai penalti ( ( 1)) S p X t  d. Tentukan local best particle ))) 1 ( ( )),...,…”

unclassified

See 1 more Smart Citation

Estimasi Parameter Super Pairwise Alignment pada Kombinasi Virus Dengue Menggunakan Particle Swarm Optimization

Rahmalia

Rohmatullah

Pradana

2019

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

AbstrakDi Indonesia terdapat empat jenis virus dengue atau demam berdarah. Untuk melihat tingkat kesamaan (similarity) antara dua sekuens virus, dibutuhkan proses pensejajaran pada sekuens virus. Metode yang digunakan untuk pensejajaran pada dua sekuens virus adalah Super Pairwise Alignment (SPA). Nilai fungsi objective pada SPA adalah nilai penalty antara dua sekuens virus. Karena nilai fungsi objective tergantung pada parameter SPA, maka pada penelitian ini nilai parameter SPA akan diestimasi menggunakan metode heuristik seperti Particle Swarm Optimization (PSO). Simulasi diterapkan pada enam kombinasi virus dengue untuk proses estimasi parameter SPA. Berdasarkan hasil simulasi pada enam kombinasi virus dengue, PSO dapat menemukan parameter SPA yang optimal secara pendekatan. Parameter SPA yang optimal juga dapat mengetahui posisi dan panjang dari unit sekuens yang mengalami penambahan atau penghapusan. AbstractIn Indonesia, there are four dengue virus types. To see the similarity between two virus sequences, it is required alignment process to virus sequences. The method used for aligning on two virus sequences is Super Pairwise Alignment (SPA). Objective function on SPA is the penalty score between two virus sequences. Because the value of objective function depends on SPA parameters, then in this research, SPA parameters will be estimated by heuristic methods such as Particle Swarm Optimization (PSO). Simulations are applied in six combinations of dengue virus for estimation SPA parameters. Based on simulation results on six combinations of dengue virus, PSO can find optimal SPA parameters in approaching. Optimal SPA parameters also can give positions and lengths of sequences unit occuring insertions or deletions.

show abstract

Section: Pendahuluanunclassified

unclassified

Estimasi Parameter Super Pairwise Alignment pada Kombinasi Virus Dengue Menggunakan Particle Swarm Optimization

Rahmalia

Rohmatullah

Pradana

2019

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Individu recovered adalah individu yang sembuh atau kebal dari suatu penyakit [8], [9]. Pada penyebaran penyakit zika berdasarkan penelitian sebelumnya [1], pada populasi manusia, individu exposed adalah individu yang hanya memperlihatkan gejala dengue dan belum memperlihatkan gejala penyakit zika. Pada tahap ini, individu memiliki peluang untuk sembuh.…”

Section: Metode Penelitianunclassified

“…aegypti. Nyamuk tersebut juga mentransmisikan penyakit demam berdarah (dengue), chikungunya dan demam kuning [1].…”

unclassified

Analisis Kestabilan dan Kontrol Optimal Model Penyebaran Penyakit Zika dari Gejala Dengue Menggunakan Forward Backward Sweep Method

Rahmalia

Rohmatullah

2019

j.ilm.soulmath

View full text Add to dashboard Cite

Tersedia online di http://ejournal.unitomo.ac.id/index.php/mipa ISSN 2337-9421 (cetak) / ISSN 2581-1290 (online) http://dx.doi.org/10.25139/smj.v7i2.1953 ------------------------------------Vol 7(2), Oktober 2019, Halaman 159 -173----------------------------------Abstract Zika disease is caused by zika virus. Zika virus can be contagiuous through the Aedes biting, such as Aedes aegypti. The mosquitoes can also transmit dengue fever. From the problem of zika spread, then in this research can be constructed mathematical model of zika spread from dengue symptoms. In zika spread from dengue symptoms, there are two populations included i.e. human population as host and mosquito population as vector. From mathematical model of zika spread, there are two equilibrium points such as disease free equilibrium and endemic equilibrium. In this research, from mathematical model of zika spread from dengue symptoms, it will be added control such as vaccination. The method used for solving optimal control problem and resulting numerical solutions is Forward Backward Sweep Method. Based on simulation results, control given such as vaccination to susceptible human can reduce zika spread to be minimum. Abstrak Penyakit zika disebabkan oleh virus zika. Virus zika dapat menular melalui gigitan nyamuk Aedes, terutama Aedes aegypti. Nyamuk tersebut juga mentransmisikan penyakit demam berdarah (dengue). Dari permasalahan penyebaran penyakit zika, maka pada penelitian ini dapat dibuat model matematika penyebaran penyakit zika dari gejala dengue. Dalam penyebaran penyakit zika dari gejala dengue, terdapat dua populasi yang terlibat yaitu populasi manusia sebagai host dan populasi nyamuk sebagai vektor. Dari model matematika penyebaran penyakit zika, terdapat dua titik kesetimbangan yaitu titik kesetimbangan bebas penyakit dan titik kesetimbangan endemik. Pada penelitian ini, dari model matematika penyebaran penyakit zika dari gejala dengue, akan ditambah kontrol berupa vaksinasi. Metode yang digunakan untuk menyelesaikan masalah kontrol optimal dan menghasilkan solusi numerik adalah Forward Backward Sweep Method. Berdasarkan hasil simulasi, pemberian kontrol berupa vaksinasi pada manusia susceptible dapat mengendalikan penyebaran penyakit zika menjadi lebih minimum.

show abstract

“…Zika virus has been found in 1947 in monkey and then it is identified in human in 1952 in Africa. Aedes mosquito can cause zika disease through bite with the symptoms are resemble to dengue fever [1]. Based on previous research, zika virus is mutation from dengue virus.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Application Bat Algorithm for Estimating Super Pairwise Alignment Parameters on Similarity Analysis Between Virus Protein Sequences

Rahmalia

Herlambang

2021

Jurnal Ilmiah Teknik Elektro Komputer Dan Informatika

View full text Add to dashboard Cite

Protein sequence analysis of the Zika virus and the dengue virus using Smith Waterman algorithm

Cited by 5 publications

References 3 publications

Estimasi Parameter Super Pairwise Alignment pada Kombinasi Virus Dengue Menggunakan Particle Swarm Optimization

Estimasi Parameter Super Pairwise Alignment pada Kombinasi Virus Dengue Menggunakan Particle Swarm Optimization

Analisis Kestabilan dan Kontrol Optimal Model Penyebaran Penyakit Zika dari Gejala Dengue Menggunakan Forward Backward Sweep Method

Application Bat Algorithm for Estimating Super Pairwise Alignment Parameters on Similarity Analysis Between Virus Protein Sequences

Contact Info

Product

Resources

About