Prototecose, causada por Prototheca zopfii ou P. wickerhamii, é uma doença emergente em animais e humanos. Em bovinos, P. zopfii é uma importante causa de mastite ambiental. Em cães e gatos, a prototecose é causada principalmente por P. zopfii. Em cães, causa infecção cutânea ou uma forma sistêmica envolvendo diversos órgãos. Em gatos, predominam as lesões tegumentares na região da face e plano nasal. No homem, a prototecose, causada principalmente por P. wickerhamii, manifesta-se sob três formas: cutânea, articular com bursite do olécrano e sistêmica. Pode ocorrer em indivíduos imunocompetentes, os quais podem apresentar bursite e/ou infecções cutâneas localizadas, ou em indivíduos imunossuprimidos, nos quais a enfermidade pode ser disseminada e/ou com envolvimento visceral. A prototecose causada por P. wickerhamii foi descrita recentemente em caprinos como causa de rinite afetando o vestíbulo nasal, união mucocutânea, pele da face e orelha. Nesta revisão são abordadas as características microbiologias e susceptibilidade a antimicrobianos do agente, e a epidemiologia, sinais clínicos, patologia, diagnóstico, tratamento e controle da prototecose em animais domésticos e no homem.