Repensar a prática docente é fundamental para todos os professores, no sentido de ressignificar suas aulas, considerando outras abordagens para possibilitar um melhor aprendizado aos estudantes, sendo a formação continuada um momento propício a esta reflexão. O ensino de ciências por investigação (EnCI) apresenta-se como uma importante estratégia para a formação cidadã, porém ainda pouco utilizado pelos docentes e com muitas lacunas formativas. Assim, a presente pesquisa buscou identificar quais as dificuldades que os docentes apresentam com relação à utilização em sala de aula, do EnCI, e quais suas percepções sobre esta abordagem didática. Os resultados identificaram que os professores ainda pautam suas aulas em moldes rígidos, suprimindo as etapas de investigação, conclusão e comunicação por parte dos alunos, devido ao forte caráter protocolar de suas propostas de aula com caráter investigativo, evidenciando pouca familiaridade com a abordagem do EnCI e suas potencialidades, como habilidades que podem ser promovidas por esse tipo de estratégia aliada ao pensamento metacognitivo, e mesmo com relação à aprendizagem de conteúdos científicos.